破了淮安北城之后，石凤魁、石镇常、石镇吉、朱衣点、彭大顺等人一鼓作气，乘胜继续发起猛攻，不给清军喘息之机，很快拿下了南北二城之间的夹城。
残存清军龟缩入南城负隅顽抗。
不过随著徐州地方战事的结束，石达开携重炮自徐州赶赴淮安。
石达开命人趁著夜色在南墙迎熏门外架起三十六门从北殿处购来的新式重炮，三十六炮齐发，南城城垣在持续的轰击中轰然崩塌，碎石飞溅，烟尘蔽日。
石镇吉率先锋从缺口一拥而入，驻守南墙的杨殿邦的漕标标兵顿时溃散，翼殿大军攻入淮安南城。迎熏门一破，淮安南城内的四万余清军兵勇军心瓦解。
江苏巡抚吉尔杭阿收拢抚标退守漕运总督衙门，想凭借高墙深院作困兽之斗，却被石凤魁击溃，沦为阶下俘。
河道总督杨以增在河标的护卫下企图从西门城门突围，乘船远遁，被朱衣点截住，生擒于马下。至此，满清淮安重镇的两督一抚一并就擒，淮安这座苏北的漕运咽喉重镇，终于易主。
淮安是苏北清军最大的据点，也是最后的大型据点。
拿下淮安，意味著整个苏北平原对翼殿而言已是不设防之地，满清再无可以依仗的坚城重兵，苏北残地犹如秋风中的枯叶，只待翼殿大军席卷而下。
入城后的善后事宜，石达开早已安排得井井有条。
破城当日，翼殿殿前军便贴出安民告示：凡我翼殿天军圣兵，不得擅入民宅，不得掠取民财，不得奸淫妇女，违令者斩。
入城的部队先是清理了南城主街上的尸体和瓦砾，清军的尸首被拉到城外乱葬岗焚烧掩埋，翼殿阵亡将士的遗体则逐一登记姓名籍贯后以白布裹好停灵于城南校场，等候做法事择地安葬。
随后，一队队翼殿士兵担著水桶从里运河挑来清水，沿街泼洒冲洗，将路面上的血渍冲淡，又有翼殿士兵推著独轮车从城外运来新挖的黄土，用石碾子碾碎筛细，均匀地铺在道路中央，以迎接翼王入城。一切就绪后，石达开的马车才出现在南门外。
这辆马车乃彭刚所赠，车厢宽敞，镶著武汉三镇玻璃窗生产的玻璃车窗，透过玻璃能清清楚楚地看到车外光景。
拉车四匹大小毛色一致的蒙古骏马也是随马车一并赠送，马鬃梳得整整齐齐，辔头上缀著红缨，走起路来昂首阔步，威风凛凛。
马车前后各有数百名翼殿压迫感十足的刀牌手护卫，步履踏地之声整齐如鼓点。
马车从迎熏门驶入，沿著铺了黄土的主街缓缓前行。
南城幸存的百姓们早已被翼殿士兵安排在街道两侧，黑压压地跪了一地。
淮安作为漕运中枢，粮食储备较为丰足，这也是石达开集结重兵攻打淮安的重要原因。
不过淮安的存粮都紧著军用，尤其是翼殿围城以来，吉尔杭阿、杨殿邦、杨以增等人更是大肆削减了民间的粮食供应，以应对翼殿的长期围困，是故淮安百姓也难得吃上饱饭。
这些百姓个个面黄肌瘦，衣衫褴褛，许多人跪都跪不稳，只能互相搀扶著匍匐在地。他们不敢擡头，只是将额头贴在冰冷的地面上，嘴里含混不清地喊著恭迎翼王入城。
有些胆大的半大孩童偷偷擡起眼皮，朝那辆装著玻璃窗的马车张望，想看看传说中的翼王到底是什么模样，是否如传言那般有三头六臂。
石达开的马车穿过南城主街，转入一条宽阔的官衙街，来到了漕运总督衙门。
漕运总督衙门前立著一对汉白玉石狮，朱漆大门上镶著黄铜门钉，气派非凡，门楣上的匾额已被翼殿士兵取下。
漕运总督衙门坐落于镇淮楼北侧，和镇淮楼、淮安府衙等衙门在同一条中轴线上。
后世之中国漕运博物馆，便是在漕运总督衙门遗址原址上建成的。