这个有澎湖海战经历、又经常渡海前往辽南的官员，被朱由检视为精通海务的复合型人材。
在他和孙元化之间，朱由检最终选择了他。盯着海军部长一职的孙元化，只能担任次长职位，负责针对西洋的舰队筹建。
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山东往南就是南直隶，北面属于江北巡抚管辖，也被称为凤阳巡抚。
这个职位，其实是总督一级，因为它正式的名称，是总督漕运兼提督军务、巡抚凤阳等处兼管河道，可以简称为漕运总督。
考虑到现任总督朱光祚做得还不错，江北府县重划也需要他主持，朱光祚得以留任。
真正需要调换的，其实是漕运总兵。朱由检打算在运河演习时好好看看，选拔个有能力的贵族担任。
京杭运河被他视作铁路，组建快速打击部队，平定沿线叛乱。
对于朝廷来说，京杭运河是非常重要的。即使海运发展起来后，它也能在很多方面发挥作用。
朱由检已经指示漕运衙门的官员，向这些方面转变。
安徽巡抚邹维琏，是在前年上任的，他在推行一税制等方面做得不错，同样得到留任。
唯有江南巡抚兼太湖巡阅使曹文衡，因为做得太好，已经被升任户部右侍郎，需要推选人员接任。
浙江巡抚吴尚默作为朱由检看重的官员，又在推翻阉党时出了大力，即使年过七十，仍旧被朱由检下特旨继续任官，被推选为江南巡抚。
朱由检为了褒扬这个老臣，也为了鼓励朝廷官员去地方任职，特意称赞道：
“吴尚默蹉跎科场多年，在京城也一直不显眼。”
“但是去地方主政一方后，他的能力却充分显现出来。”
“无论是在山西还是浙江，他皆颇有政声。这样的官员应该重用，加南京户部尚书衔，可参加南京朝廷集议。”
“希望官员们以他为榜样，多做出些实事。”
群臣对这个人大多还是佩服的，不是每个人都有掀翻一地官场的勇气。吴尚默在山西做的事情，为他赢得了很大声誉。
但是也有人对这种行为不满，他们说吴尚默是南直隶宁国府人，不应该在南直隶任官。
这下南直隶出身的官员坐不住了，苏州人钱谦益道：
“陛下，南直隶各府直属于朝廷，如同各省一般。”
“南直隶的同乡，也向来指同府，没有人说同是南直隶就是同乡。”