朱由检对此早有全盘考虑，回应道：
“依朕之见，卫所体系和边防体系要明确。”
“如今九边各镇，基本是总兵镇守、副总兵协守，还有分守、守备。”
“这是总兵镇守体系，是边军常用的编制。”
“卫所则早已成为兵源，指挥、千户这样的卫所军官，才能在镇守体系当把总。”
“以后朕就明确，卫所主要是提供兵源，兼有守卫地方责任。”
“卫所的军官、军士、军户需要服役的，编入地方防卫军。”
“防卫军和边军一样，按总兵镇守体系任命官职，以后统称为边防军，由边防部训练管理。”
说着，他转向兵部右侍郎秦士文，任命道：
“边防部部长，由兵部右侍郎秦士文署理，加从二品枢密同佥衔。”
“下设训练司、步兵司、骑兵司、炮兵司、车兵司、工兵司等机构，负责各兵种训练管理。”
然后又向一众枢密大臣道：
“以后地方都司，要和兵备道等护军机构合并，统一称为都护司，或者都护使司。”
“都护使和布政使、按察使级别相同，统一定为正三品。”
“卫所由都护司管辖，下设卫所厅、兵备厅等机构。”
“原都司和兵备道的官吏，改为都护司官吏。”
“地方卫所由都护司管理，从卫所选拔的防卫军，由兵备道、守备区协同将领管理。”
“督抚下属的标营，按边防军管理。”
“下属旅或者营，由旅将、参将统率。”
这个决定说出，朝堂上的枢密院官员，都是一阵兴奋。
都司的职权虽然早就被架空了，但它到底是地方三司之一，还有对卫所的管辖权。
如今皇帝把都司和兵备道合并，代表着文官的势力，彻底深入卫所。原本在都司任职的武官，根本没能力和和他们争权力。
这件事情，在皇帝设立涿鹿守备区时他们就有预感。这也是很多文官，赞同设立枢密院的原因。
从此以后，枢密院和地方都护司，就彻底取代了原本的五军都督府和地方都司体系。文官在经过不懈的努力后，终于把权力渗透到大明的方方面面。
朱由检知道这个后果，但他更是清楚，如果不把都司和兵备道合并，都司就是个空架子。
还不如设立都护司，把实权重新抓回来。
这样武将至少能够进入都护司，在地方军事上有一点说话的权力。