直到嘉靖四十二年，为了应对倭寇骚扰，复设澎湖巡检司，但也没有真正起到防御倭寇的作用。
但是由于安南远离中原，最后还是走向了独立，成为了今天的越南。
这其实也是朱元璋定下这十五个不征之国的主要原因，那就是地广人稀不便管理，且收获与付出不对等。
不过，随着大股倭寇被击溃、歼灭，这些曾经被倭寇占据的巢穴许多都已经荒废。
如隋炀帝妄兴师旅，征讨琉球，杀害夷人，焚其宫室，俘虏男女数千人，得其地不足以供给，得其民不足以使令，徒慕虚名，自弊中土，载诸史册，为后世讥。
他的担心并非无的放矢，实际上明朝上下多少知道开国时的误会，大琉球确实有所谓的琉球王，还和大明一直保持良好的关系，时不时就会有使节前往大明朝觐。
安南地处中国大陆与中南半岛的连接处，一旦占领，近可牵制占城、暹罗、真腊诸国，远可控满刺加及半岛附近的苏门答刺、旧港、瓜哇、泞泥等国。
等天下太平了，只需整修甲兵．操练士卒，备作国防而已。
这是一生讲究“洪武”、“尚武”的老辣皇帝的“谆谆教导”，这更是朱元璋从历史经验教训中得到的顿悟。
有部将开口说道。
但是，真正阻止大明军队登岛的原因，还是明太祖朱元璋在《皇明祖训》中明确的十五个不征之国中就有小琉球的名字，也就是此地不纳入大明。
洪武二十年十月，在与诸将论及兵政时，朱元璋这般说道：“国家用兵，犹如医生用药。开了大堆的药，目的是要治病，不能没什么病就吃吃药，那可要吃坏的!
治国也如此，国家不太平，用兵来勘定祸乱。
为什么这么说呢?
大家应该要知道：用兵能消除祸乱，但也能招致祸乱，倘若恃富逞强，好大喜功，惹是生非，就会结怨挑衅，这不恰恰招惹了祸乱!
正如医生乱开瞑眩之药，强迫无病之人服用，虽然不至于造成身体残疾或送命，但足以大伤元气!
所以为国当政者应该常讲军事，但千万不能穷兵黩武!”
“东番，这个其实福建那边也大概知道情况，只是碍于大海阻隔，不便派人监管。
众将官齐齐应诺。
洪武晚年，老朱皇帝生怕子孙后代狂妄、轻浮、率意用兵，从而招惹祸害，特地将自己的谨慎对外用兵之国策写入了《皇明祖训》之中。
而之后的历史，其实多少也证明了朱元璋对此的见解其实是有道理的，朱棣登基后，就违背祖训，攻打了安南。
由此可见，朱元璋定下的祖训并非无稽之谈，至少用事实证明还是有一定的道理的。
只是海禁以后，人大多已经撤回。
也因为发现了大明对此地的忌惮，所以许多倭寇也曾经把此地作为他们的巢穴加以经营。
东番岛距离福建太近，可朝发夕至，而据我们所知，岛上并无王权体统，至于无知乡民存在。
朕以诸蛮夷小国，阻山越海，僻在一隅，彼不为中国患者，朕决不伐之，惟西北胡戎(指漠北蒙古)．世为中国患，不可不谨备之耳，卿等当记所言，知朕此意。”
不过，也因此让大明知道了东番岛的情况，岛上有一些村落，有土著居住其中。