后来他加入复社，与阉党残余坚决斗争，成为江南文人骨干之一。
顺治二年清军南下，弘光政权崩溃，他变卖家产召集数百青壮年组建“世忠营”，以此响应余姚孙嘉绩、熊汝霖起义，后追随南明鲁王朱以海监国于绍兴，授监察御史兼兵部职方司主事。
此后数年，他辗转浙东抗清，曾兵败退守四明山，后漂泊海上，期间多次遭清廷通缉追捕，弟宗炎、宗会被捕，家人病亡，故居遭焚，但仍坚持联络抗清势力。
在1649年，黄宗羲还曾随冯京第赴日本长崎乞师求援未果。1653年随着抗清形势日益严峻，他被迫返回山区，开始转入学术反思阶段。
在今年，黄宗羲隐居于浙江余姚化安山（四明山北麓）的龙虎草堂，过着隐姓埋名、颠沛流离的生活。
同时，他潜心著述，此时在完成的《留书》基础上继续深入思考，为日后《明夷待访录》积累思想素材，他还研究天文历法、数学等西学知识，著有《春秋日食历》《授时历故》等著作。
此外，他延续讲学授徒，培养浙东学派弟子，同时通过隐秘渠道与南明残余势力保持联系，且关注抗清形势，收集情报，为残明提供支持。
尽管已从一线抗清斗争退隐，但他仍一直以大明遗民自居，坚决拒绝剃发易服，且不应清廷招降，更不参加清廷科举。
此时黄宗羲瞧见清兵把总果然带着两个兵踏上了这艘船的跳板，跳板被三个人的重量一压，猛地往下沉了一截，船身也为之轻轻晃了一下。
把总的靴子在跳板上踩得咚咚响，对方走到甲板上，左手按刀，右手举着画像，目光在船上众人的脸上往来扫视。
他的视线最终在黄宗羲身上停下来。
黄宗羲没有躲，但他浑身绷紧，就那么站着与那清兵把总对视。
他感觉自己的心跳已在胸腔里要跳动出来。
那清兵把总打量了他大约两个呼吸的时间，目光便移开了，最后又漫不经心地往船舱口瞟了一眼。
随后便见其将画像卷了卷，朝后头两个兵摆了摆手，嘴里含含糊糊地嘟囔了句什么。
黄宗羲顿时松了口气，耳中听得模糊，对方说的大约是“又是程家的船，天天查天天空”之类的话。
三个人转身下了跳板，船身又轻轻晃了一下。
跳板收了回去。码头上那把总已经在查下一条船了，吆喝声顺着江风飘过来，被水声搅得模模糊糊。
黄宗羲深深地呼出了一口气，他身后那个假装打盹的徒弟也呼出了一口气，另一个弟子还下意识地用袖子擦了擦额角的汗。
狗头还是那副笑眯眯的模样，像是刚才发生的不是一场险而又险的盘查，他整了整被风吹歪的衣襟，往前迈了一步，朝黄宗羲拱了拱手：
“黄先生，在下送到这岳州便得走了，无奈公务缠身，又得去他处忙活了，否则一定将先生送至重庆。”