从山东登州、莱州调集的粮食、军械、布匹、火药等物资，先运至朝鲜釜山，进行中转、清点与补充，再由水师战船护航，运往壹岐岛。
为了保障补给航线的安全，沈有容每次都派遣十艘以上的主力战船护航，沿途进行巡逻，警惕日军水师的袭扰。
同时，由朝鲜水师在釜山至壹岐岛的航段协助护航，形成内外联动的防御体系，最大限度地保障补给物资的安全。
辅助补给通道则借助朝鲜釜山港作为中转，从朝鲜采购粮食、马匹、淡水等物资，减轻明朝本土的补给压力。
朝鲜经历战乱未久，国力衰弱，但出于共同防倭的需求，还是尽力为明军提供支援。
供应大米、小麦等粮食，调配马匹用于陆战部队的训练与运输，输送淡水补充岛上的用水缺口。
此外，沈有容还与朝鲜的商人达成合作，采购布匹、药材等物资，进一步丰富岛上的物资储备。
为了实现岛内自给，减轻补给压力，沈有容在壹岐岛推行军屯与民屯制度，开垦土地，种植作物，同时挖掘水源、发展渔业，全方位弥补资源缺口。
他下令，组织驻军轮流耕种，同时从明朝山东、浙江沿海迁来无地农民、罪囚赴岛屯垦，共计两百余人，开垦岛屿上所有可耕种的土地，种植番薯、小麦、
蔬菜等耐旱作物。
在水源保障方面，沈有容下令挖掘地下蓄水池，收集雨水，同时组织士兵与工匠，在全岛范围内勘探地下水源，修建水井十余口，搭配从朝鲜、明朝本土运输的淡水，基本满足了驻军与居民的日常用水需求。
为了节约用水，还制定了严格的用水制度，合理分配淡水，禁止浪费，同时教导士兵与农民修建简易的灌溉设施，将收集的雨水用于农田灌溉，提高水资源的利用率。
在军械保障方面，沈有容在壹岐岛主港附近建立了军器修造局，配备工匠、
铁匠、木匠共两百余人，实现基础军械的自给与维修。
此外，还开辟了专门的火药制作作坊，严格按照明朝的火药配方，制作火药，储备足量的军械与火药，确保战时能够源源不断地供应。
沈有容参照明朝沿海卫所制度，设立壹岐岛经略司，作为岛上最高军政管理机构，实行文武分治、以军为主的管理模式。
文官负责民政、屯垦、物资管理、户籍登记等事务，选拔有经验的文官担任经略司主事，统筹岛内的民政事务。
武官负责军事、防御、操练、巡逻等事务，由沈有容亲自统领，下辖水师、
陆战营、奇兵营等部队，各司其职，相互配合。
同时，制定了严格的军纪与管理制度，规范士兵与民夫的行为。
禁止士兵欺压民夫、抢夺物资，禁止民夫偷懒怠工、私藏物资。
设立专门的巡检队，每日在岛上巡逻，维护治安，查处违规违纪行为。
对屯垦的农民，给予一定的土地与粮食补贴，鼓励他们积极耕种，提高粮食产量。
对工匠，给予优厚的待遇，鼓励他们潜心钻研，提高军械修造的效率与质量。
在沈有容的严格管理下，壹岐岛秩序井然，士兵纪律严明，民夫与工匠各司其职，呈现出一派欣欣向荣的景象。