依托明代先进的火器，沈有容在全岛构建了全覆盖的岸防火力网，兼顾远程轰击与近距离压制，既能抵御日军水师的进攻，又能为己方战船提供火力支援。
在港口及岛屿制高点，部署了红夷大炮十门、大型佛郎机炮二十门。
红夷大炮射程可达三里，威力巨大，可直接轰击来袭的日军安宅船、关船，击穿船体，摧毁日军战船的作战能力。
大型佛郎机炮射程可达一里半，射速较快，可连续发射，形成密集的火力覆盖，封锁九州方向的来敌航道。
这些大炮均由明朝本土运来，配备专业的炮手，每日进行操练，调试炮口角度，熟悉射程与威力，确保战时能够精准打击敌军。
在沿岛岸线，部署了中型佛郎机炮、虎蹲炮共五十门，搭配千余名鸟统手、
三眼统手，形成近距离火力压制。
中型佛郎机炮与虎蹲炮体型小巧，可灵活移动，适合部署在岸线的防御工事之中，针对日军的小型快船、登陆艇进行打击。
鸟铳手与三眼统手则分布在岸线的战壕与瞭望塔中，一旦日军靠近岸边，便会密集射击，射杀日军士兵，防止日军登岛偷袭。
此外，还在岸线附近挖掘了战壕，铺设了尖木，进一步加固防御，阻挡日军登岛。
除了岸防火力部署，沈有容还对水师部队进行了精准部署，分为主力战船与轻型突击战船，各司其职，兼顾防御与袭扰。
常驻登莱水师主力战船四十艘，其中福船十二艘、广船八艘、苍山船二十艘，由沈有容直辖。
福船体型庞大，船体坚固，可容纳数百名士兵，配备多种火器，是明军水师的主力战船，适合正面作战。
广船擅长航海，速度较快，适合长途航行与巡逻。
苍山船体型小巧，灵活轻便，适合近距离作战与追击。
这些主力战船每日在对马海峡巡逻，防御日军水师主力的进攻，掩护补给航线的安全，确保岛上的物资供应不被切断。
轻型突击战船二十五艘，由水军都司徐勇曾统领，常态化执行九州沿海侦察、袭扰日军据点、抓捕俘虏的任务，作为进攻九州的先遣舟师。
陆战部队的部署，同样兼顾防御与训练。
沈有容派驻登莱标兵、水师陆战营共三千人，分为左、中、右三营，负责岛岸防御、要塞驻守、登陆作战训练。
这三千名士兵，都是身经百战的精锐，配备藤牌手、长枪手、火器手，适配渡海登陆作战的兵种需求。
此外，沈有容还选拔了五百名精锐士卒，组建了奇兵营，专门进行海岛登陆、山地作战训练，作为日后登陆九州的先锋部队。
奇兵营的士兵，个个身手矫健，擅长攀爬、潜伏与突袭，每日在岛屿的丘陵地带操练，模拟九州的山地地形，演练突袭战术，同时学习日语，熟悉日军的作战习惯与民俗，为日后深入九州、开展突袭任务做好准备。
不过。
壹岐岛资源匮乏的短板，始终是制约明军长期驻守与作战的关键。
为了破解这一难题，沈有容建立了跨海运补与岛内自给的双层后勤体系，双管齐下，保障基地的长期运转，为进攻九州储备充足的物资。
主补给通道是登莱→朝鲜釜山→壹岐岛的固定航线，这条航线全程约千里，由明军水师战船编队护航，每月定期通航两至三次，从未间断。