长门是不怎么喜欢大蛇丸的，只不过是看在大蛇丸的能力上，似乎最后才勉强答应，让大蛇丸成为了晓组织的成员，但是对于大蛇丸长门还是有所防范的。
在三代火影一时心软放走了大蛇丸后，他随即下达了追捕大蛇丸这名叛忍的命令。
而当时的大蛇丸并没有取得多大的实验成果，不仅未掌握秽土转生之术，而且还没有培植属于自己的势力，因此他选择暂时加入晓组织。
毕竟大蛇丸已经沦为S级叛忍了，而晓组织这个叛忍避难所对他来说是最适合容身的地方。
不过大蛇丸是一个很有野心的人，他是不会甘愿帮晓组织收集尾兽打工的，所以和晓组织目的不同的大蛇丸，一开始就做好了临时跑路的打算。
而在之后的剧情中，赤砂之蝎和迪达拉去追杀退出了晓组织的大蛇丸，这时的大蛇丸已经掌握了秽土转生之术了，所以他在面对晓组织的追杀时还能有恃无恐。
虽然原著中没有解释大蛇丸加入晓组织的过程，但是在官方游戏究极风暴中，说明了大蛇丸原本只是为了抢夺佩恩的轮回眼，但是不敌突然出现的佩恩六道，而晓组织中又有他需要的研究素材，所以大蛇丸才最终答应加入晓组织的。
后面很有可能也是因为晓组织的素材不够了，大蛇丸才选择离开了晓组织。
任何时间线中，晓组织的情况都是非常重要的。只有掌握了晓组织的情报，才能知道宇智波带土和黑绝是不是暗中谋划了什么阴谋。
而且此时的晓组织，还处于资本的原始积累阶段，这个时候把大蛇丸重新安排进去以后，可能会成为日后最重要的环节。
他沉思片刻，表情变得严肃起来，看着大蛇丸郑重地说道：“蛇叔，我希望你能重新回到晓组织。”
大蛇丸听到这话，先是一愣，随即发出一阵低沉而略带疑惑的笑声：“哈哈哈，鸣人，你这想法可真是大胆至极。我都叛逃出晓组织了，这个组织真的还愿意接受我吗？”
“而且，你让我回去，难道是因为这个组织，真的有些不一般？”
大蛇丸不解地问道。
鸣人也能理解大蛇丸的疑惑，他打算跟大蛇丸透露一些事情，让他明白事情的重要性。
他目光坚定地直视着大蛇丸的眼睛，认真地说道：“蛇叔，晓组织确实非常重要，我可以先告诉你一些关于晓组织的秘密！”
听到鸣人的话后，大蛇丸和药师兜瞬间来了精神，对于他们这样的忍者而言，情报对他们的吸引力是最大的。
他们恨不得弄清楚世界上一切事情的来龙去脉，追本溯源！认真地期待鸣人会讲出什么惊人的秘密。
“其实，佩恩并非一个真正的人，他只是一具被操控的尸体，而在背后操控这一切的人，是你的好友自来也之前在雨忍村教导过的漩涡长门。”
“漩涡长门拥有和六道仙人一样的轮回眼，他能用忍者的尸体做成佩恩六道，每一道都具备独特而强大的能力。”
“你之前见到的只是天道，其他六道分别是，修罗道，畜生道，饿鬼道，地狱道，人间道。”
“每个佩恩都拥有不同的能力，这一切都是轮回眼赋予他们的能力！”
大蛇丸听到这里，脸上瞬间露出了震惊的神色，他的瞳孔微微收缩，显然是被这个消息惊得措手不及：“什么？佩恩的眼睛竟然是轮回眼！”
“而且，拥有这个眼睛的人竟然是当初有过一面之缘的漩涡长门。没想到，那个看起来毫不起眼的小鬼，竟然拥有如此逆天的力量。”