西南山高林密、地形崎岖，平定奢安之乱的过程说着简单，其实却花了很长时间。
远在京城的朱由检，对西南的战事不说毫无所知，却也只能知道个大概。
从徐本高那里收到朱燮元准备决战、以及沐启元暴卒是被他母亲毒死后，朱由检松了口气，对西南发生的事情放下心来。
对朱燮元如何打仗朱由检很放心，因为他知道历史上奢安之乱就是这个人平定的。而且明军的战力强于西南土司，平叛最难的地方不在于打仗，而在于地形和后勤——
只要能管好军队和后勤，西南的战事纵有小败，也影响不了大局。
朱燮元的能力已经在平定四川时验证过，朱由检对他没有任何担心。
所以在看到朱燮元准备和奢安叛军决战后，朱由检暗暗点头，向送来情报的锦衣卫指挥使郑士毅下令道：
“西南之事，一切委于朱燮元，傅宗龙、袁崇焕辅助。”
“朕会让内阁下发旨意，再次明确这一点。”
“你要告诉徐本高，好好辅佐好朱燮元。除了军法和军功外，其它事情不要乱管。”
不知徐本高的在西南的作为，朱由检对他还是比较信任的，但还是一再强调，约束锦衣卫不要仗着皇帝近臣身份越权——
如果他知道徐本高在贵阳曾经打算和袁崇焕一起顶走朱燮元，估计会把徐本高立刻撤职，换其他人代替。
可惜西南离得太远，徐本高不可能把这种事情上奏，朱燮元也丢不起这个人，告诉皇帝自己无法压伏下属。所以三人争夺平叛主导权的事情，只能成为他们自己知道的争端。
不过对袁崇焕被朱燮元调去暂代云南巡抚，朱由检还是比较认可的。觉得朱燮元这是认同袁崇焕的能力，云南巡抚以后可以让袁崇焕担任。
毕竟沐启元死了之后，继承黔国公的沐天波今年刚过十岁。云南总兵的职务，只能让云南巡抚代摄。
袁崇焕有在辽东作战的经历，让他军政一把抓，应该能够胜任。
对于黔国公沐启元暴卒案的处置，朱由检看到沐启元是被他的母亲宋夫人毒死后，猜到沐启元暴卒的责任主要就在于他自己——
虎毒尚不食子，若非沐启元的作为有可能为沐家带来灾难，他母亲又何必毒死他？
理清这个思路，朱由检对朱燮元、袁崇焕、徐本高三人处置了涉案的云南巡抚和巡按，同样比较满意。
沐启元的事情闹到这个地步，云南巡抚的责任逃不掉。和沐启元对立的云南巡按余珹，就是为了安抚黔国公沐家，也得把他拿下来——
毕竟朝廷让御史监察地方，可没说要把地方大员逼反。余珹作为巡按御史，手段上必有不当之处，不然沐启元不会非要杀了他。
朱由检从这件事中，更是看出了巡按御史的职权太大、插手的地方太多，以至有些越权：
『沐启元再怎么说也是以黔国公担任总兵，犯错应该由赞理军务的巡抚处置。』
『余珹作为巡按御史，擅动一镇总兵，险些酿成大乱。就算他出发点是好的，手段也太粗糙。』
『若非宋夫人明白事理，对沐启元果断处置，云南就有大乱。』
对余珹很是不满，对云南巡抚谢存仁，朱由检也觉得他不称职。治下发生了这么大的事情，他这个云南巡抚竟然好似脱身在外。