回到了现实之中的碇唯，依旧保持着微笑，虽然结局和她计划之中有所不同，但同样是她可以接受的结局，不如说，碇真嗣能够成长到如今的地步，甚至有些出乎她的预料。僾
而当碇唯从初号机之中脱离之后，真正的人类补完也开始了。
但并不是人与人的心灵之间的融合，最先进行的，是将神明的力量从这个世界上剥离。
明日香是最先感受到这个过程的存在，两人的心灵仿佛是面对面一般，而她也听到了碇真嗣的心声：“人类已经不再需要EVA，你也不再因为是驾驶员才被需要，不要露出失落的表情。”
“因为……我需要你！”
……
蓝诺作为在场唯一一个能观察全局的存在，清楚的看到。碇唯暗中给自家儿子比了个大拇指。
蓝诺：“……”僾
该说不说，这泡妞的本领看起来是家族传统，傲娇最挡不住的就是直球，此时在驾驶舱中纠结的都不知道该摆什么姿势好：“要把机体收回去就直说，谁稀罕被你需要啊！要不是……要不是看在你是个笨蛋的份上，才不管你了呢！”
三号机悬浮到了半空中，从双脚开始逐渐变成星星点点的白光，飞入星空之中，消失不见，而明日香身上火红色的作战服，也在这个过程中缓缓褪去色彩，在光芒之中化为了一身普通的女士休闲装，未来的世界之中，将不再需要十四岁的孩子登上残酷的战场，直面人类的末日之战。
而几乎与此同时，消失的还有世界各地的使徒，第十一使徒，第三使徒，第十二，第十三……
面对神明的力量，曾经不可一世，曾经在人类世界中横行霸道的使徒，此时却显得毫无反抗能力，或是从地底之下被拽了出来，或是从微生物质中被抽取出来，一个个在半空之中。化为白光，消失不见。
包括被人类秘密囚禁起来，准备用来研制特殊的人造使徒兵器的第三使徒，同样也没能逃离消失的命运。
巨大的如同骸骨巨蛇的身体从地下拉扯出来，随后在半空之中化为白光，一点点升腾到了天空之中。
褚薰距离最近，受到的影响也最大，先是他驾驶的六号机在神话形态的光芒之中缓慢消散，接下来就是他了，第一使徒，从始至终都追求着给碇真嗣幸福的第一使徒，在没有使徒和神明的世界中，自然也是不可能存在的。僾
“能看到你幸福，就这样结束再好不过了！”
褚薰的身体也随着白色的光芒一点点消散，虽然是第一使徒，但在神明的光芒面前，依旧没有任何反抗之力。
“谢谢你……但，对不起，新的世界之中，将不会再留下任何神明的残留，我虽然只回忆起了上一次轮回之中你所做的一切，但我相信你曾经无数次降临在我身边，陪伴我度过人生之中最艰难的岁月，但最终，我还是只能像每一次那样，亲手送你离开这个世界，这次或许是最后一次了吧！”
白光之中，初号机伸出手，握住褚薰的身体，庞大的双眼与他相互对视，久久不语，画面仿佛在这一刻彻底定格。
而这一幕褚薰再熟悉不过：“握下去吧！我也希望这是最后一次了！”