晚年颇好史学，据历代正史纂《藏书》，又广泛收集明代资料撰写《续藏书》，对传统史学观点有所突破。
李贽对被封建统治者奉为金科玉律的儒家经典和孔孟之学进行抨击，对儒家经典的《六经》《论语》《孟子》表示了极大的轻蔑，认为这些不都是圣人之言，是经过后人吹捧拔高形成的，不能当做万年不变的真理。
这些著作是当时懵懂弟子，迂阔门徒随笔记录，大半非圣人之言，即使是圣人之言，也只是一时所发之药石，不能成为“万事之言论”。
在《焚书·赞刘谐》及《续焚书》的《圣教小引》《题孔子像于芝佛院》等文中，他以戏谑嘲讽的笔调贬低孔子，这在尊孔子为至圣先师的时代，是一种大胆的举动。
他认为孔子并非圣人，孔子没什么了不起的，人人都是圣人，没必要一定要去学孔子，这就把孔子从至高无上的圣人地位上拉下来了。
如果一定要将孔子奉为偶像，言行举动都学孔子，那就是一种丑态了。
李贽否认儒家的正统地位，否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”，认为不能将其当做教条而随便套用。
《六经》《论语》《孟子》“乃道学之口实，假人之渊薮”，李贽对孔子及孔孟之道的批判确已达到了“非圣无法”的地步。
这让他成为明晚期有名的思想家、文学家，也是泰州学派的一代宗师，或许也正是因为他离经叛道，所以科举之路才会断绝在会试。
李贽在姚安虽政绩斐然，但因为其思想不合常理，所以遭到来自上司的打击和排挤，为当时的社会权贵所不容。
他们罗织各种罪名，必欲置之死地而后快，当时与他针锋相对的有巡守道骆问礼、巡抚王凝，诬李贽“太坏风化”，声称“当以法治之”。
可见，当时云南的官场在王凝的治理下，还是比较混乱的。
不过此时，王凝焦虑的不是他和李贽之间的矛盾，而是来自京城的消息，让他胆战心惊。
如果说一开始他还对京城关注缅甸之事不以为然，可在他收到京中消息后，可就是另一幅样子了。
云南以外的宣慰司，老早其实就已经不受云南官府管辖，这责任可不在他头上，嘉靖朝那会儿就已经开始失控。
想想，朝廷的千户都死在那里，事后也没有追查，只是让那边斩杀几个所谓的“匪首”结案就可知局势。
王凝来到这里后，知道域外情况，也不愿意多管闲事，所以就是装聋作哑，打算糊弄过去。
但是现在貌似不行了，朝廷已经知道了。
打仗，虽然不会让他这个巡抚亲自上战场提刀砍人，可心中难免还有害怕的。
云南民族林立，本就不服王化，治理艰难，要是再和缅甸那边打仗，怕不是那些土司就要乱起来。
好吧，其实他担心的倒未必是缅甸那边的什么东吁王朝，而是担心云南这里那些桀骜不驯的土司。
缅甸乱成什么样子都不会影响他的官帽子，但是云南有失，丧师失地才是会要他的老命。
其实，明朝的文官也是知道地方卫所什么德行的，大涨根本不敢指望他们。