忽必烈端坐御座，纵观群臣争辩，心中早已定下调子。
他一生志在万国来朝、四海归一，非但不欲裁撤水师，更想打造一支前所未有的水上雄兵，镇内河、慑沧海、通南洋、扬国威。
当即当庭降下改制圣谕，定立大元水师百年规制：
“传朕旨意！准伯颜、刘整、张弘范所奏，全域启动水师改制整编！
一、废除所有临时、杂牌、归附旧番号，统一设立【大元江海水师总司】，隶属枢密院，总领天下水军事宜；
二、分设长江镇江水师、浙闽海防水师、广南远洋水师三大正牌主力，编制固定、权责分明、粮饷统一、军衔归一；
三、依刘整所策，北籍水兵主营内河江防，南籍精锐主营近海远洋，因材任用、分驻各司、不废所长；
四、淘汰朽坏旧船、残破宋舰，工部统一打造大元制式楼船、哨船、海鹘船、远洋巨舰，舰载回回炮、投石机、火油火箭统一配装；
五、规整水师军衔，设水师都督、水军万户、水军千户、百户，一如陆军规制，军功一体封赏、无南北歧视；
六、精简老弱疲卒，精锐留营操练，闲时巡江守海、维护漕运、清剿水寇，战时全员出征、拱卫海疆！”
圣旨落地，天下水师改制轰轰烈烈铺开。
大都枢密院即刻下发文书，传檄沿江沿海十一行省：
江浙行省整肃长江下游、浙东水域水军；
湖广、江西行省规整长江中游、江湖水系水师；
福建、广东行省全力整编远洋海师、修缮海港战船；
短短两月之间，混乱数十年的大元水师，彻底脱胎换骨、焕然一新。
昔日南北对立、派系割裂、番号杂乱的杂牌水军，尽数化为规制严明、军械精良、驻防有序、权责清晰的大一统王朝正规水师。
江有江防、海有海防、内河有镇守、远洋有威慑，万里江海波平浪静，尽归大元掌控。
只是盛世水师改制的荣光之下，隐患已然深埋肌理。
忽必烈一心强军镇疆、扬威海外，大肆扩建水师、打造巨舰、操练水军，舰船修缮、军械打造、水兵粮饷、海港营建，耗资亿万、耗空国库，原本崖山战后本就空虚的府库，再度承压剧增。
同时，南北水兵虽经整编、各司其职，却人心隔阂未消、派系私念仍存。北兵轻视南兵降籍、南兵忌惮北兵权贵，表面一体同军，内里依旧南北两分、军心不齐。
更有蒙古勋贵始终轻视水师、视之为汉臣附庸、耗财冗军，日后朝堂财用紧张、国力衰退之时，必是最先裁撤、最先克扣、最先舍弃的军政重器。
大元看似练成了冠绝当世的无敌水师，实则为日后国库耗竭、海防废弛、水军崩坏、东南无防，早早埋下了无可挽回的祸根。