先讲二者相同之处。
二者的仪式都会借助歌舞、吟唱，进入失神通灵状态；都会依靠法器搭建人与灵界的通道；都有招魂、收惊、驱邪、祈福、超度亡魂的业务。很多外人只看见二者都有跳神吟唱，便误以为二者同源，其实远不是看起来那样简单。
蒙古萨满的核心法器包括神鼓、铜镜、神帽、神鞭、法杖。
神鼓是重中之重。
萨满认为鼓身即是坐骑，敲击鼓面，鼓声震荡神魂，可以穿越上中下三界。上界谒见腾格里天神，中界交涉山川灵物，下界寻访失落魂魄。萨满通灵多见灵魂出游。仪式之中，萨满入恍惚状态，魂魄离体远行，亲自前往灵界谈判、寻回病人失散魂魄，肉身留在原地。
与其他宗教相比，萨满的祭坛极其简单。敖包一堆白石，辅以奶酒、牛羊牲祭，不像道家那样需要繁复符箓、步罡等仪轨。草原之上无固定坛场，择高地便可开坛，不拘地形。吟唱内容多为赞颂长生天、祈祷草场兴旺、人畜平安，祝辞开阔苍茫。
而苗疆巫法核心法器包括铜鼓、牛角、师刀、竹筊、木傩面具，高阶的法师还会炼化自己的独门法器。
苗巫通灵多见召灵降临、临坛现身。
巫者立于坛上，以咒语、献祭呼唤祖灵、山神降临，借灵之口断吉凶、化解灾厄。比起萨满的神魂远游，他们更擅长就地感召周遭山中灵祇。
苗巫行法重视固定坛场，山洞、村寨祖祠为上等坛位。精通步罡踏斗、手诀、吸收梅山巫、古楚巫文化诸多内容，仪式流程繁复完整。献祭除禽畜之外，时常取用山间草药、灵木之类。
而苗疆独有的蛊术，更是萨满体系完全不存在的手段。苗巫可在密闭器皿之中培育毒虫，缔结血契，以蛊作为媒介传递意念、调理或是惩戒他人。草原民族生死观豁达通透，光明磊落，从不愿用这种背地害人之术，再加上环境难以大量驯养毒虫，所以从未衍生此类法门。
接下来是修炼路径与力量本源。
蒙古萨满的力量，本源取自天地、腾格里、以及自身守护的灵体。
萨满修炼，重在打磨神魂定力，日常需要学习克制心神，熟悉三界道路，分清善灵、恶煞。常年静坐观想，与自身相伴的灵体建立长久默契。
修行要义在于‘沟通、协商’。萨满更像是天地与人之间的使者，没有命令神灵的资格，遇到祸事，只能献上祭品、诚恳祈请，与灵体谈判，寻求和解。不能强行拘禁、胁迫天地灵祇。若是妄图驱使恶天、凶灵肆意行事，会直接遭受天道反噬。
萨满不炼制灵物，不饲养阴虫，不长期拘禁亡魂。万物来去自由，若是灵体不愿相助，萨满只能作罢，不可强逼。
而苗疆巫法，力量则是源自三方面：其一为本族祖灵庇佑；其二为一方山水山神洞灵；其三，部分法门依靠契约共生的灵物。
苗巫修行，分为正统善法与旁门阴法。
正统修习，重在熟记古咒、坛规、祭祀古歌，学习辨识山林阴阳气息，调和村寨瘴气、安抚怨魂。
和萨满的‘协商之道’不同，苗巫法门之中大量存在契约规则。通过献祭、立誓，和灵物定下约定，我奉上供奉，灵体为我行事。契约清晰，有借有还。善巫守诺，注重信用，而毒巫则会钻契约漏洞，利用蛊毒阴灵达成私欲。
举一个最直观例子。
如果有人被邪祟纠缠而前来求助，那么萨满会击鼓神游下界，寻到作祟灵体，询问因果，劝解化解，许诺祭祀，劝说灵体主动退去，以和解为第一选择。
正统苗巫做法，则会设铜鼓坛，呼唤祖灵到场居中调停，与邪祟订立约定，满足对方诉求换取对方离开；若是遇上蛮横不休的凶煞，亦可启动坛法、借助山中灵兵进行驱逐。旁门苗巫，甚至可以催动蛊物，主动反击。
再来说二者的神灵与宇宙观念。
这两大信仰皆认同三界模型：上天、人间、地下幽界，这是原始巫文化共通认知。但三界之中的主宰、生灵，却是天差地别。
蒙古萨满的宇宙观层级非常清晰，自上而下分为：
至高：腾格里长生天，统御诸天；