防波堤内侧，修建了十座木质栈桥，每座栈桥长达五十余丈，可同时停靠福船、广船等大型战船三十艘以上。
栈桥旁开辟了专门的战船锚地，划分出不同区域，分别停靠主力战船、补给船与巡逻船，秩序井然。
此外，还在港湾西侧修建了两座避风坞，采用砖石砌墙、木质封顶，可容纳十余艘战船躲避台风与暴雨，同时配备工匠，随时对受损战船进行检修。
突击舟师港坐落于岛屿南部的芦边浅湾，紧邻平夷城要塞，此处靠近九州，航程较短，是明军袭扰九州沿海、侦察敌情的前沿阵地。
与主驻泊港不同，这里主要部署开浪船、草撇船等轻型战船，共计二十五艘，由水军都司徐勇曾统领。
这类战船船体小巧，速度极快，吃水较浅，可灵活穿梭于九州沿海的浅滩与港湾，适合执行侦察、袭扰、抓捕俘虏等任务。
为了保障轻型战船的快速出击，工匠们修建了简易的木质码头，无需复杂的疏浚工程，仅用砂石铺垫滩涂，加固岸边，便可让战船快速停靠与启航。
码头旁搭建了瞭望塔，每日有士兵轮流值守，一旦发现日军踪迹，便立刻点燃烽火，传递警报，让突击舟师能够迅速集结，整装出发。
此外，还在码头附近修建了小型军械库，储备足量的火药、鸟统与箭矢，方便士兵随时取用，为出击任务做好准备。
登陆集散港位于岛屿西侧的平缓滩涂，这里地势开阔，滩涂平坦，是明军陆战部队集结、军械装卸、兵员换乘的专用区域，为日后大规模登陆九州奠定基础。
沈有容特意下令，将此处的滩涂进行加固处理，用砂石与砖石铺垫，防止船只搁浅，同时修建了三座临时登陆码头，每座码头可容纳数百名士兵同时换乘。
码头周边搭建了帐篷营地，用于临时安置登陆部队与搬运物资的民夫。
开辟了专门的军械堆放区，用帆布覆盖，防止日晒雨淋，配备士兵日夜看守，严防物资丢失。
每日，都有大量的军械、粮食与淡水从这里卸下，由民夫与士兵搬运至平夷城要塞与各处营地，忙碌而有序。
军事防御体系的构建，是沈有容经营壹岐岛的重中之重。
除了三大港区的防御部署，他还在岛屿制高点、港口咽喉处，修建了壹岐城寨作为全岛的指挥中枢，同时在四端修建小型烽火碉楼，形成全域防御支点，搭配先进的火器，构建起全覆盖的岸防火力网，将壹岐岛打造成一座坚不可摧的堡垒。
壹岐城寨遵循明代海防城堡规制，采用砖石夯土结构，墙体高大厚重，高达三丈，底部宽两丈五，顶部宽一丈，墙体之上铺设青砖，光滑坚固，可抵御火器的轰击。
城寨设有四座城门，分别对应东、南、西、北四个方向，城门采用实木打造，外包铁皮，镶嵌铜钉，厚重坚固，城门后设有瓮城，一旦敌军攻破城门，便会陷入瓮城的包围之中，成为明军的活靶子。
城寨之上，修建了四座城楼与八座角楼，城楼高达四丈，顶部设有瞭望台，士兵可登高远眺，观察周边海域与岛屿的动静。
角楼分布在城寨的四个角落，配备火器与弓箭手，可全方位防御敌军的进攻。
城寨内部，布局规整，设有帅府、军营、议事厅、军械库、粮库等区域。
在岛屿东、西、南、北四端的制高点，沈有容各修建了一座小型烽火碉楼，碉楼采用砖石砌成，高达三丈，顶部设有瞭望口与射孔，每层都有士兵值守。
四座碉楼相互呼应，一旦发现日军战船或登陆部队，便会立刻点燃烽火。
白天燃烟，夜晚点火，烽火信号可在半个时辰内传递至壹岐城寨与各大港区，让明军能够迅速集结，做好防御准备。
此外，在连接各大港区与城寨的要道上，还修建了小型防御工事，部署弓箭手与鸟统手，形成层层防线，即便日军成功登岛，也难以突破明军的防御。