此后近两百年间，澎湖沦为荒岛，成为海盗与倭寇的盘踞之地。
而台湾本岛，则被朱元璋列入「不征之国」名录，严令子孙不得擅自征讨。
这两百余年里，明朝官方与台湾本岛几乎断绝了所有联系，唯有民间的零星贸易，在海禁的夹缝中悄然存续。
然而...
海禁愈严，走私愈盛。
福建、浙江、广东沿海的海商们，因官府严禁海外贸易，生计无著，只得而走险，组建武装船队，往来于中日之间，做起了走私生意。
他们将生丝、瓷器从大陆运出，在日本换取白银、硫磺，再转头销往东南亚，利润丰厚。
为躲避明朝水师的缉捕，这些海商纷纷将据点设在东海的孤岛上。
台湾岛因其地处中日贸易航线中段，港湾隐蔽，资源丰富，自然成了绝佳的藏身之所。
一时间，台湾西海岸的大员、北港等地，成了海盗的聚集地，汉人、日本人、东南亚商人在此交汇，形成了一个混乱却繁荣的贸易市场。
然而，台湾岛并非海盗的天下。
岛上的原住民部落，早已在此繁衍生息数千年，是这片土地真正的主人。
在南部，西拉雅族占据著台南、高雄一带的平原与海岸，他们以渔猎为生，更擅长饲养鹿群，鹿皮是其最珍贵的贸易商品。
每逢汉人商船靠岸，西拉雅族的族人便背著鹿皮前来交换，用一张鹿皮换一把铁刀，或棉布，双方虽语言不通，却也能通过手势达成交易。
他们以「社」为单位聚居，多个社组成松散的联盟，被称之为「大肚王国」，虽无统一的君主，却能在对外事务上协同行动，与海盗、商人保持著既合作又警惕的关系。
中部的洪雅族，则扎根于台中平原，他们开垦梯田，种植粟米、芋头，过著半农半猎的生活。
由于远离海岸，他们与外来者的接触较少，更多时候是在山林间穿梭，守护著自己的土地与猎物。
而北部的凯达格兰族，堪称天生的航海家。
他们居于淡水、基隆一带，熟悉台湾海峡的风浪与洋流，常常驾著独木舟出海捕鱼，甚至远航至琉球、日本南部，与当地商人交换货物。
他们的航海技术，连许多汉人海盗都自叹不如，因此常被雇佣为向导，在中日贸易中扮演著重要角色。
这些原住民部落，虽未形成统一的政权，却凭借对地形的熟悉、独特的生存智慧，在汉人海盗、日本商人的夹缝中站稳了脚跟。
他们是台湾岛的基石，也是毛文龙在绘制地图时，不得不重点考量的力量。
要经略台湾，不仅要抵御荷兰人的入侵，更要处理好与原住民的关系，唯有如此，这座宝岛才能真正成为大明东南海疆的屏障。
在这些日子的努力之下，台湾的详细舆图，也是被他画出来了。
从南部台南港的深水湾，到中部阿里山的连绵山脊，再到北部淡水河的蜿蜒河道，每一处港湾、每一片平原、每一个原住民部落的聚居地，都用朱红或墨色的记号标注得清清楚楚。