当时正在膨胀中的崇祯颇有些不喜，可他终究还是看中孙传庭的才干。孙传庭也不负所望，出任陕西巡抚，组建秦军。然后，一举干掉了当时的闯王高迎祥。
崇祯九年，高迎祥、李自成攻庐州，取含山、和州，杀知州黎宏业、在籍御史马如蛟等。继围滁州，与卢象升、祖宽、罗岱、杨世恩等部，激战朱龙桥。高迎祥等北攻寿州不克，西入归德。二月，攻密县、破登州，击杀明将汤九州，进军邓州、郧阳。三月，迎祥与自成分兵，由郧襄入兴安、汉中与献忠会师。五月，迎祥复入湖广。是年七月，迎祥出南山，挥师直驱西安，军至周至黑水峪。
结果，在黑水峪高迎祥遇到了自己宿命。当陕西巡抚孙传庭设伏将高迎祥一举击溃。高迎祥本人被俘，押至北京凌迟处死。起义军复推李自成为“闯王”。
当时是在崇祯九年七月二十日，负伤的高迎祥在山洞中被俘，与他一同被俘的，还有他的心腹将领刘哲、黄龙，他的几万大军，已在此前彻底崩溃。
纵横世间七年的闯王高迎祥，就此结束了他的一生，在过去的七年中，他曾驰骋西北，扫荡中原。高迎祥被捕的消息传到京城时，崇祯皇帝没信，不是不信，是不敢信，等人到了面前，才信。
因为崇祯不敢相信，流寇的头目会被生擒。等高迎祥被处死，崇祯皇帝才大松了一口气，原来这是真的。
当时的崇祯天真的以为，高迎祥一死，流寇就会土崩瓦解。殊不知，大明的根子已烂，不改变这种格局，亡国不过是迟早的事。
朱兴明笑了笑：“孙将军，本宫只你素不喜奉承，怎地今日倒是拍起本宫的马屁来了。”
孙传庭正色道：“太子殿下辽东击溃建奴，京城整顿三大营，又在西山安置流民。听说，山西河南赈灾，也是太子殿下的功劳。一桩桩一件件，怎能不让人佩服。殿下或许不知，罪臣在这天牢之中，得知殿下种种英雄事迹，不知心里有多高兴。殿下，大明有你，必可中兴！太子殿下，请受罪臣一拜！”
这，真让人欣慰。朱兴明也没想到，孙传庭居然如此的赏识自己，当下哈哈一笑，将他重新扶起：“想不到孙将军在狱中，居然知闻天下事。好了好了，孙将军可不要再多礼了。你这马屁再拍下去，本宫该脸红了。”
狱卒，也是有忠义之士的。比如说，华佗被曹操下狱的时候，岳飞被冤的时候，都有狱卒感念其忠义。
而此时，一名狱卒大着胆子，在一旁跪地道：“回禀太子殿下，小人亲眼所见，每次孙将军得知殿下英雄事迹，总是在这牢中开怀大笑，说什么大明有希望了，天下百姓有好日子过了。”
牢门外面的崇祯一动不动，不知道此刻的他，听到孙传庭的这番话，是作何感想。
“孙将军，本宫来找你，是有要事。”扯了半天，朱兴明终于说到正事上了。
“殿下，您想让罪臣出山，领兵打仗么。”孙传庭问。
朱兴明一惊：“厉害啊孙将军，就连本宫为什么来找你你都知道。”
谁知，孙传庭叹了口气：“罪臣被万岁爷下了大狱，在狱中想了很多，也学到了很多。天下大势，合久必分分久必合。这历朝的国运，也是盛极必衰，衰极必乱。但只要是有个力挽狂澜的英主，一样能扶大厦之将倾、挽狂澜于既倒。”
大明有么，有这样的英主么。孙传庭，时不常的在问自己。