对待经学，朱由检非常慎重。
即使他想用新学问取代理学，仍旧表示要继承二程、朱熹的注释，在其基础上点校修缮。
避免学习四书五经的士子无法适应，科举考试产生混乱。
但是对于史学，他就毫无顾忌了。
把宋儒开创的义理史学全部掀翻，直接抛在一边。
这种激烈的态度，让群臣很不适应。
刘宗周道：
“五代之后，人心丧乱。”
“宋儒以理阐史、以史证理，使理义大本复明于世，焉能称为错焉？”
“陛下所学《资治通鉴》，便是宋儒司马光编撰。”
指明义理史学的意义和《资治通鉴》的重要性，这在大明是显学。
不但民间学习，就连皇帝的教材，也有《资治通鉴》。
朱由检此前多次被群臣建议学习通鉴，甚至还不得不听了几课，对此当然知道。
不过他对这部书并不怎么感冒，说道：
“义理史学，自然有其意义，但是已不适合当前这个时代。”
“你们可有人记得，朱子是怎么评价《资治通鉴》？”
朱熹评价司马光和《通鉴》的话语很多，其中有褒有贬。
但是皇帝这样询问，显然不是善意，钱谦益揣摩皇帝心意，说道：
“朱子曾说：温公《通鉴》，凡涉智数险诈底事，往往不载，却不见得当时风俗。”
“如陈平说高祖间楚事，又如亚夫得剧孟事，《通鉴》皆不载，是不知当时风俗事势也！”
“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？”
这是对《通鉴》的批评，很符合朱由检的意图，让他龙颜大悦。