所以在他和袁可立等人的商议中，枢密院除了在海军衙门的基础上成立海军部外，还应成立陆军部，执掌京营、边军等陆上军队。
之前皇帝对此还不置可否，如今终于明确了态度。否决了成立陆军部的提议，取而代之的是边防部，负责边军和防卫军。
京营和地方卫所仍旧归五军都督府，和枢密院相互制约。
对于这点，很多兵部官员是不满的。尤其是担任京营护军使的李邦华，迫切想要把京营中尸位素餐的人赶出去，按自己的想法整顿京营。
袁可立理解他们的想法，但他更是知道，皇帝不可能把京营完全交给文官。
他向这些官员解释道：
“前宋除了枢密院调兵外，尚有三衙统兵。”
“陛下把五军都督府当成三衙来用，也是应有之义。”
“何况除了执掌京营外，五军都督府也没有多少权力。”
“以后卫所就只是作为将士来源，世袭军官和军士可看做低等爵位。”
“陛下让五军都督府维护他们，是要稳住这些人。”
“边防部说起来不是陆军部，但是所拥有的权力，却没多少差别。”
相比掌管所有陆上军队的陆军部来说，边防部的职责，主要是掌管边军，以及从卫所中征集的防卫军。
可以说，真正能打仗的军队，都归边防部调遣。
这点袁可立已经满意，没奢望皇帝把所有军队都归枢密院管。
在他劝说之下，兵部官员逐渐接受了这个方案。
不管还有没有五军都督府分权，枢密院成立之后，文官都掌握了军队的调兵权——
所有军队的指挥调动，都要通过枢密院。
袁可立能够保证，所有兵部大臣，都会在廷议上支持这份方案。
但是其他大臣是否支持，他就不确定了。
因为这份方案，对政务院的权力进行了削夺。在政务院之外，又成立了大理院和理藩院。
大理院不用多说，是由大理寺转变的。
皇帝把司法权从政务院独立出来，单独成立一院。
而且大理院的权力还有点大，六科给事中被并入，有权力审查所有衙门的命令，判定它们是否符合礼法——
刘宗周重制礼乐后制定的礼法，将会由大理院执行和维护。