X女士并没有改变游戏世界，让所有人都觉醒自我意识，百濑小姬就是漏网之鱼。
因为X女士发现，如果整个游戏世界都被她同化改变的话，那么游戏世界，将会升级成更加稳定且独立的虚拟世界。
到时候，觉醒自我的人想要离开这个虚拟世界，就更难了。
那个时候，想要回归现实世界，就需要有跨越世界的力量。
现在作为游戏世界。
游戏世界直接一个依附在现实世界的小世界罢了。
还和现实世界有一条通道连接。
那就是还在孕育中的最终BOSS！
——所有人头顶上的那个大眼珠子里面的东西！
当最终BOSS孕育完成，彻底苏醒的时候，最终BOSS将会降临现实世界。
连接游戏世界和现实世界的通道将会被打开。
但那个时候，游戏世界中的崩源体们，将会全部觉醒自我，然后开启对现实世界的入侵。
让最终BOSS苏醒，觉醒的人就能回家，但崩源体会入侵现实。
不让最终BOSS苏醒，觉醒的人就依旧要被困在游戏中。这是一个两难的选择。
好在，现实世界开启了《假面骑士编年史》游戏，一些与现实世界连接的通道，被打开了。
这让被困的人看到了希望。
一些人主动请缨，为其他人去探路。
主动请缨的一共有四人，他们属于同一个势力——次世代基因研究所！gòйЪ.ōΓg
没错，就是因为帕拉德消失的财前美智彦和他的三个助手。
他们在所有苏醒的人类中，也算是强大的存在了。
因为他们本身就都有不俗的科研能力，他们结合崩源病毒，让自己升级成了崩源体，吸收吞噬了崩源体的数据，掌握了强大的力量。
有能力去探路。
可惜，接连两位去探路的研究员，也就是武田上叶和来濑庄司，被人干掉了。
数据再次回归游戏世界。
再次变成了没有觉醒自我的崩源病毒体。
财前美智彦和剩下的一位研究员并没有放弃。
他们为接下来回归现实世界的行动，进行着准备。