天启元年九月中，永宁宣抚司同知樊龙，大将张彤，假借四川巡抚徐可求之命，乘虚袭杀重庆府城，城大乱，叛军烧杀抢掠，破家无数，巡抚徐可求、重庆府知府、巴县知县等数十众地方文武死难。
石柱宣抚司秦良玉初闻叛乱，即尊天子密诏，出兵征讨永宁叛军，谴派麾下精骑疾驰石柱传报，秦良玉率部与叛军鏖战多日，叛军死伤惨重，樊龙自知不敌，率残部撤离重庆府城。
雄威军指挥使秦邦屏接急报，即调兵遣将乘船驰援，于江津设伏，剿杀樊龙所领叛军残部，雄威军出，樊龙大惊，率亲卫逃脱本部，是役，永宁叛军两万步骑兵，被杀被虏者超九成……
“永宁宣抚司蓄谋造反，尊奉天子密诏，自即日起，重庆府城着命雄威军进驻接管，凡家有死难者，皆往巡抚衙门登记造册！”
“天子所颁密诏，雄威军奉诏军管地方期间，凡遇哄抬粮价、盐价者，以通敌造反罪论处，凡欺压百姓、逼良为娼、趁机敛财者，以通敌造反罪论处，凡徇私舞弊……”
重庆府城的大小巷道，数以千计的雄威军锐士，分队分区的持枪巡察，宣读雄威军指挥使所颁天子密诏。
昔日繁华的重庆府城，彼时却显得几分萧条。
一辆辆牛马车，拉着数不清的尸首，往返于城内外，地方突遭叛乱，受到伤害最大的当属底层百姓。
“唉…都怪我当初不够果决，不然这重庆府城的死难伤亡，就不会这般严重。”秦良玉心情低沉，娥眉紧蹙道。
“这该死的奢崇明，竟胆大包天到这等程度，所谴的两万步骑兵准备这般充分，定然是先前就密谋许久。
现在重庆府城是保住了，但是城内的伤亡死难较重，只怕这个时候，扼守永宁宣抚司的奢崇明，已然知晓兵败的消息了。”
秦邦屏面露关切，看向秦良玉说道：“小妹，此事并非是你的错，在当时那等紧急态势下，你能率部硬撼永宁叛军，确保府城多数安稳，已属不易了。
既然事情已经发生了，那我等所要做的事情，就是尊奉天子密诏，尽快剿灭永宁宣抚司反叛。
川地土司叛乱之事，雄威军已谴麾下精骑，八百里加急，驰归京城呈递急报。
相信陛下知晓川地叛乱，定然会做出英明决断。
在此之前，雄威军和石柱土司兵，要尊奉陛下密诏，接管重庆府城、佛图关、江津、永川、合江等几处要镇。
现在还需你来主持平叛大局。”
何可纲、陈继盛、周遇吉等一众雄威军将校，秦邦翰、秦拱明、秦佐明、秦祚明等一众秦马将校，神情坚毅的看向秦良玉他们。
在应对永宁叛军作乱府城时，秦良玉的种种表现，何可纲这帮将校在战后了解后，那心里没有不敬佩的。
尽管秦良玉是一介女流，却赢得了何可纲他们的尊重。
秦良玉收敛心神，挎刀而立，环视堂内一众将校，朗声道：“尊奉天子所颁密诏，倘若川地出现土司叛乱，无论陛下向石柱密调多少兵马，不分平叛前，平叛后，于石柱的该方面军，由秦良玉挂帅统辖。
本帅心里清楚，雄威军是陛下所缔天子亲军，在辽左战场上硬撼建虏，彰显我大明雄威，取得骄人战绩。
但此时此刻，不是在辽东战场，亦非在京城要地。
现在是川东战场，在明确军管和平叛的事宜前，本帅想再问问诸将，可愿奉诏行事？”
“谨尊上谕！”
众将校轰然应诺道。
“愿遵秦帅调遣！”
众将校再度喝道。
忠勇、忠武、雄威、武烈四军，在西山授旗建军之初，就被朱由校灌输军规军纪，凝练军魂，一支所向披靡的强军，若是没有极强的纪律性，想要保持常胜，想要保持战力，那断然是不可能的。
军令大于天。
这是朱由校所想要的。
大明太大了。
治下地理环境复杂，交通相对不便，通讯相对闭塞，想要有效避免武夫独大、藩镇割据等事，就必须从制度上着手改变。
文臣有文臣该做的事情。
武将有武将该做的事情。
大明军队糜烂堕化，就是‘以文制武’所致，朱由校不可能叫先前的事情，在他所缔造的新军发生。
军规军纪是魂。