面对疯狂的斯库拉，艾玛牺牲自己，利用奥卡装置引走了斯库拉后。
艾玛被斯库拉撕碎，连同手中的奥卡装置一同葬身凶兽之口。
恐怖组织首领艾伦目睹这一幕，眼中没有丝毫动容。
只是迅速收拢残余成员，从此销声匿迹。
而另一边，被艾玛留在安全地带的女儿麦迪森，终于被一路锲而不舍追踪的马克成功寻回，父女终于团聚。
而斯库拉也被赶来的哥斯拉一顿狠狠地收拾，再度陷入沉眠。
随着艾玛事件结束后。
帝王组织内曾有人派出探查小队，来到耶梦加得信号消失的那片海底探查这位新王的踪迹。
可是什么也没有发现，连地图标注的海底火山群也消失了。
各种探测手段用出，毫无所获的探查小队将情报传回，引起了组织内不小的骚动。
新王耶梦加得的行踪从此成谜。
……
另一边，骷髅岛上。
基多拉当初引发的风暴，使得保护骷髅岛的巨大风暴圈开始往内陆移动。
导致了岛内生态系统被破坏，岛上的怪兽也变得无比狂躁。
一只来自地心世界的泰坦卡玛佐兹来到地表。
此时帝王组织刚好有一支飞行小队正在骷髅岛调查地心世界。
最后人类与金刚联手成功打败了卡玛佐兹。
但是和卡玛佐兹的交战使得骷髅岛上的生态遭到彻底破坏。
当地土著伊维人几乎死绝，只有一个小女孩吉雅被金刚救了下来。
吉雅也被骷髅岛基地的主管艾琳所收养。
最终，帝王组织设计了一个穹顶，模拟骷髅岛的环境，暂时将金刚隔绝起来。
随后时间匆匆而过，来到了2024年。