川东水师和舟山水师的联合船队浩浩荡荡沿着安庆、池州、南京长江一线行进，沿途再度汇合刘孔昭的大船水师。
其水师规模一度突破六百艘，包含大中小各式船只，清军长江江防被彻底纵横贯穿，沿途零散清军水师也无可敌者，只能龟缩。
明军本次东西并进声势极大，也是在钱谦益等江南浙东复明人士多番联络下才得以发动，江南复明人士期望残明军队会师长江，从而收复江南。
故而在明军大肆活动之际，长江南北的抗清义士也是风起云涌，互相沟通串联，不断向重舟联军提供消息，一时间清军江南内外皆敌，风声鹤唳。
清廷江南江西总督马国柱紧急进行军事调动，其先派遣总兵王璟、副将张恩达分别集结各地水军，准备在南京码头集结，随时等待机会反击。
同时马国柱与江宁巡抚周国佐上疏求援，并让江南提督管效忠召集江南所有机动绿营部队集结。
逐渐形成以两江总督马国柱督标营、管效忠绿营为首的江南机动部队。
后清廷闻得军情紧急，又快马下旨，让江南江西总督马国柱临时节调江宁（南京）八旗兵，让其暂归马国柱调度，至贼寇退去方止。
同时，江南江西总督马国柱、浙江总督赵国祚联合开始肃清境内明军义军和细作，破获平一统（永历授讨虏前将军）、阚名世（永历授威远将军）等潜伏内地的复明志士。
他们审讯后报告清廷：“海寇跳梁，逼入内地，若非内有奸徒暗通线索，何敢狂逞至此？”
并在地区内推行严格的连坐法，鼓励告发“通海逆夔东贼”行为，遏制反清思想传播。
而在这江南清军严阵以待之时。
陆安和二张的重舟联合部队与刘孔昭汇合之后，已是在长江下游徘徊了数日，其不断在南京、镇江、扬州等地往来寻机。
但由于清廷马国柱带着满八旗和督标营，与江南提督管效忠带着的绿营作为机动主力，将整个江南沿江重镇守得密不透风。
一时间，重舟联军虽水师仍可畅通无阻，但难以寻到可乘之机。
而这时，噩耗也陆续传至。
原定计划为东线张名振、张煌言率水师自东向西突入长江，直逼南京。
西线则由孙可望命刘文秀统兵先攻常德再沿江岳州、武昌自西向东，会师中流，割绝南北，一举收复长江流域，占据半壁江山，再图合兵北伐，逐清复明。
但事实证明，孙可望的政治野心与权力算计，并不单纯为了逐清复明。
他坐镇在贵州不愿亲征，其自立之心日益膨胀，加之上次他在湖广作战，十万大军败于清军屯齐之手，心有余悸，故而只愿坐镇黔滇掌控朝政，不愿亲自统兵东下。
所以他起用因保宁战役失利被废的抚南王刘文秀挂帅，计划若对方战败则可进一步彻底瓦解其“刘”系嫡系。