而另一方面，自清廷保宁大捷后，吴三桂、李国翰固守川北保宁、汉中一线，因大战后兵力损耗和粮草不济，未敢轻易南下。
清廷方面为嘉奖保宁大捷，给吴三桂晋封平西亲王，李国翰加太子太保。
同时东南鲁王系的残部也有动作，张名振张煌言再度发起第二次长江行动，其率领原鲁系残部，以战船四百艘、兵力四千，联合沿海抗清义军再度袭扰长江沿岸据点。
其先行抵达长江口崇明岛及附近沙洲，围困崇明城，准备以崇明为基地准备后续大规模长江。
在攻下崇明岛后，二张并未大规模进入长江，而是谨慎地派了小股部队牵制清军、建立前哨情报网络，为下一次大规模行动铺垫。
其游击部队劫掠清军粮船，牵制清军对广东的增援（此时李定国正进攻新会），焚毁清军粮船五十余艘，缴获粮草万石，长江沿岸清军震动。
更是逼迫清廷江宁（清廷已改南京名为江宁）戒严三日。
但由于二张部队水军有余陆战不足，更是缺乏攻城重武器，未能长期占据据点，撤退时遭支援而来的江南江西总督马国柱、江南提督管效忠追击，损失兵力数百、战船三十余艘。
但作为东南二张的主动进攻，此次再入长江牵制清军兵力，分散清廷对西南的军事压力，缓和了永历政权旗下西营的压力。
而与此同时，广西的李定国也在新会战役中，其亲率数万精锐抵达新会城下，采取挖地道、大炮轰城、伐木填壕等战术强攻。
广东境内义军纷纷呼应李定国，其中就有罗锦奈起义、周金汤克石城，击毙清军参将应太极、遂溪守备陈琪反正、潮州郝尚久反正……
而新会守将吴进功为坚守，竟将城内老弱妇孺驱赶到城墙“人盾”，李定国顾惜百姓下令停炮，攻势受挫。
天不遂人愿，恰逢李定国大营流行怪病，“死者十之三四”，战斗力锐减。
此时此刻，清廷靖南王耿继茂又率八旗精锐驰援，与尚可喜军形成夹击之势。
李定国紧急求援，此时郑成功正在借着与清廷和谈从而休整，李定国背后的孙可望也拒绝派主力支援，反而在后方设防牵制。
最终清军发起总攻，李定国军“兵无斗志，遂大溃”，被迫退回广西南宁，本次东征广东彻底失败。
广东义师后因李定国援军不至，依次遭清军围攻，有些城破殉国遭到清军屠城，有些逃散山上继续进行游击，
而贵州的孙可望那边软禁永历帝，派开始严格禁止从官自由出入，每年仅拨白银两千两、米六百石，账簿上竟记为“皇帝一员，后妃几口”，极尽羞辱。
并且在贵阳做筹备，于贵阳大兴土木、建造宫殿、分封百官，私定朝仪，为篡位提前铺路，甚至为其家族立太庙，拟国号“后明”。
永历政权军国大事皆由贵阳裁决，永历帝仅为“橡皮图章”，“调兵催饷，皆不上闻”。
而永历帝朱由榔不甘傀儡命运，与内阁首辅吴贞毓等十八位大臣密谋，遣林青阳、周官持密敕赴南宁，意图召李定国“统兵入卫、护驾南迁”。
结果因马吉翔、王爱秀向孙可望告密，孙可望大怒，派郑国赴南宁追查。
两月后，郑国将吴贞毓等十八人逮捕，严刑逼供，最终以“欺君误国、结党乱政”罪名，将十八人全部处死，史称“十八先生之狱”。
在孙可望要求下，永历帝又被迫下“罪己诏”，孙可望进一步巩固了其在永历政权独裁统治。
……
永历七年，九月。