镇抚使：赵英（负责治安、刑名、内部监察）。
长史（主管民政、财政、文书）：暂由平滋子代理，待朝廷委派。
其下分设各曹：户曹、工曹、学曹、医曹、法曹、仓曹、察曹……各曹主官以宋人为主，副职开始吸纳阿兹特克、玛雅、本地部落中表现优异、通晓汉文、忠心可靠者担任。
都护府下辖三郡（目前实辖两郡）：
北海郡：辖堪察加半岛、楚科奇半岛，治所熊爪城（流鬼国），留守官员管理。
新宋郡：辖墨西哥中西部沿海、特诺奇蒂特兰地区、玛雅地区北部，治所新宋城。此为都护府核心。
北美郡（筹备）：辖格兰德河以北、落基山脉以西的北美西南部，治所待定。目前仅设有几个贸易点和勘探营地。
同时颁布《都护府暂行条律》，明确了土地、赋税、治安、贸易、司法等基本制度。条律以宋律为基础，充分尊重和吸纳了《北海盟约》、《望海盟约》、《玛雅诸邦和平贸易协定》的内容，以及当地一些不违背基本人道的合理习惯法。明确禁止大规模活人祭祀、奴隶贸易，保障基本人身和财产权。
体制的建立，意味着统治从军事占领和经济控制，正式迈向了制度化、常态化管理。它为未来更广阔的统治和开发，打下了坚实的框架基础。消息传出，各方反应不一。阿兹特克帝国皇室表示支持，对其境内条款略有保留，玛雅诸邦在宋国压力下默认，沿海部落欢欣鼓舞（有了靠山），而暗中的反对势力，则更加忌惮和仇视。
体制建立后，林启紧接着启动了另一项他看来更为长远、更为根本的工程——教育。
十月初一，新宋城东区，一座新建的、融合了宋式书院与当地石材建筑风格的宏大院落下，举行了隆重的开学典礼。院门上方，悬挂着林启亲笔题写的匾额：
有教无类。
这里就是北海-美洲都护府“万国学堂”。
首批学员一百人，已经列队站在院中广场。他们年龄从十岁到十八岁不等，肤色各异，衣着不同，眼神中充满了好奇、紧张、期待，还有一丝属于各自出身的骄傲或拘谨。
学员构成如下：
宋人子弟：三十人，主要是官员、军官、富商、有功工匠的子弟。
阿兹特克贵族子弟：三十人，由蒙特祖马一世亲自挑选指派，多是皇室远支、功臣之后，包括两位在平叛中立功的年轻贵族。
玛雅贵族与祭司子弟：二十人，来自奇琴伊察、科潘等主要城邦，是未来城邦的继承人或核心祭司人选。
沿海及平原部落酋长子弟：二十人，是各部落实质上的“质子”，但给予了荣耀的学员身份。
林启、王泰、平滋子，以及阿兹特克、玛雅的重要使者，出席了开学仪式。
“孩子们，”林启走到台前，声音平和却清晰地传入每个人耳中，“站在这里，你们来自不同的家族，不同的城邦，甚至不同的文明。你们说着不同的语言，信奉不同的神灵，有着不同的习俗。但今天，你们有了一个共同的身份——万国学堂的学子。”
“在这里，你们首先要学习的，是互相听懂对方的话。所以，你们要学汉语，也要学纳瓦特尔语、玛雅文，甚至北方部落的语言。语言通了，心才能通。”
“你们要学算学，知道计数和计算的道理；学几何，看懂天地万物的形状；学地理，知道我们脚下的大地有多么辽阔，山的那边、海的那边还有什么；学博物，认识花草树木、鸟兽虫鱼，了解我们赖以生存的自然。”
“你们要学农工基础，知道粮食如何长出，器物如何制成；也要学宋律概要和各族习惯法，明白是非对错，知道一个有序的社会该如何运转。”
“这里没有唯一的真理，只有无尽的求知。没有永恒的敌人，只有可以合作的朋友。你们的父辈，或许有过争吵，甚至兵戈相向。但你们这一代，有机会选择另一条路——一条用知识代替刀剑，用交流化解隔阂，用合作创造共同繁荣的路。”
“你们，是这片新大陆的未来。你们学到的东西，将决定你们的家族、你们的城邦、乃至整个美洲的未来，是走向闭塞和纷争，还是走向开放与富强。”
“这座学堂，就叫‘有教无类’。不论出身，只要有心向学，皆可入门。希望你们珍惜这个机会，努力学习，互相尊重，开阔眼界，增长本领。将来，你们中的佼佼者，可以进入都护府为官，可以成为沟通各方的使者，可以成为技艺超群的工匠，也可以回到家乡，用你们学到的知识，让族人的生活变得更好。”