海面上已经有蜈蚣船等在一边，解下木桩与龙门架的连接绳索，捆在蜈蚣船上，十几人一同划桨，将木桩带到岸边。
如此粗大能挡住海水压力的木料十分难得，还要回收再用。
围堰上，匠人们用同样办法，依次拔出剩下木桩。
而后，白浪仔驾驶大福船，船艉对准干船坞入口，由畜力将大福船拖拽入坞。
干船坞采用浮箱式坞门，通体木质，未注水时，就漂浮在海面上，像一艘怪船。
在大福船入坞后，就由绳缆、蜈蚣船将坞门拖拽到坞口预定位置，而后打开通海阀，注水下沉。
坞门注水下降过程，使用了连通器原理，不需外力注水，坞门下降很快。
坞门两侧都有刻度，有匠人在坞口紧盯刻度读数，一旦接近沉底，就告知操纵通海阀的匠人，转动旋钮，将阀口缩小，令坞门下降减缓，以免底部磕碰损坏。
坞口底部，有与坞门长宽一致的凹槽，凹槽内提前铺放了浸了桐油的麻线、稻草等物，用以保证水密性。
在坞门完全沉底后，干船坞后端的十架畜力抽水器开始传动。
选用的水泵为八台螺旋泵和两台链泵，上端水泵口都连着排水道。通过重力将水排回海面中。
螺旋泵适合抽取带泥沙的浑浊海水，链泵适合在集水低洼处精细操作，两种水泵配合相得益彰。
螺旋泵岸上部分还有特制的链条变速结构，允许以较大的力，较小的转动半径，带动螺旋泵快速旋转，提高排水量，最大程度利用畜力。
这一整套干船坞的设计，部分是大明本来就有的技术，部分是林浅的“发明创造”。
从东墩角往下看，只见干船坞周围，十余个绞盘转动不休，各色绳索交错纵横，眼花缭乱，无数船、人、畜围着干船坞劳作，四个排水槽中，海水如白瀑一般流下，场面极为震撼。
眼见如此景象，颇有种人定胜天的自豪之感。
仅一个干船坞，就靡耗如此多的劳动力，也难怪在明初之后，大明就不再造宝船出海。
众兄弟们都看得目不转睛。
连雷三响都赞叹道：“这场景与军阵有些相似，这一趟倒是没白来。”
周秀才吟诗感慨：“南宋陆游有诗云，‘赭衣凿断海山根，砥柱巍然镇海门。’诗中景象，今日算是见识了。”
陈蛟喃喃道：“怕是当年宝船的船坞，也不过如此了。”
郑芝龙没说话，心中暗道：“我还道澳门的干船坞已是天下之最，而今和岛上的干船坞一比，也小巫见大巫了。”
接着他又偷瞄林浅，心中感慨：“舵公航海打仗样样精通，怎的还能通晓干船坞的造法，这世上真能有人懂得这么多吗？想我以前还为自学葡萄牙语沾沾自喜，同舵公一比，真是无地自容……”
抽水进行了半个时辰，此时已近黄昏，干船坞有人大喊：“停！”
所有抽水器一齐停下，干船坞排水道水流渐细。
接着有匠人拿测深绳，测量干船坞内水位。