唐津寺泽藩出兵一千五百人，由寺泽氏家老统领，负责支援陆路作战，清剿岛原半岛的叛军残部。
熊本细川藩出兵两千五百人，由细川忠利统领，驻守肥后地区，防备增田义次的叛军南下逃窜，同时负责保障联军的后勤补给，运送粮食、火药与武器。
其余一万五千人，为幕府直属部队与四国、关西赶来的援军，由松平信纲亲自统领，作为预备队，随时支援各线作战。
兵力构成上，联军共计有武士五千人，皆是各藩的精锐，配备有精良的长刀、胴丸甲与火绳枪，擅长白刃战，是攻坚的核心力量。
足轻两万两千人，大多是各藩征召的百姓与流民，装备简陋，仅有竹枪、短刀与少量破旧甲胄，主要负责搬运物资、挖掘壕沟、封锁城池等辅助任务。
火绳枪手三千人，配备有日式火绳枪，射程较短，火力较弱，主要负责远程支援，压制叛军的火统手。
水师方面，联军共计调集战船一百二十艘，其中安宅船五艘，是大型战船，体型庞大，可搭载百名士兵与多门大筒（日式火炮），火力雄厚，负责正面牵制明军水师与叛军水师。
关船五十艘，是中型战船，速度较快，可搭载五十名士兵，配备有少量大筒与火绳枪，负责巡逻海域、拦截叛军的战船、运送士兵与物资。
小早六十五艘，是小型战船，体型狭长，速度极快，擅长浅滩航行，主要负责侦察、
偷袭与传递情报。
水师部队，由福冈藩水军奉行黑田直之担任水师总大将，统筹水师作战，佐贺藩家老锅岛茂纲担任陆路先锋，率领五千足轻与一千武士，率先出兵，进攻岛原半岛的外围据点。
指挥体系上，黑田忠之被幕府授权为九州联军总大将，统筹全局，负责指挥所有陆路与水师部队的作战。
锅岛忠直担任副师，专责陆路攻坚，协助黑田忠之指挥陆路部队。
细川忠利负责后勤与南线防御。
黑田直之负责水师作战。
松平信纲则作为幕府代表，坐镇博多港，监督各部队作战，同时统筹协调各藩的兵力与物资，随时调整作战部署。
作战目标，分为三个阶段：
短期目标，切断增田义次与明军壹岐岛的联络，封锁有明海与玄界滩南部的海域，分割岛原半岛与天草群岛的叛军，攻克岛原、天草的外围据点，完成对叛军的包围。
中期目标，夺取有明海的制海权，彻底封锁叛军的海上退路，围困日野江城、富冈城两大核心城池，断绝叛军的粮食与物资补给，逼迫叛军出战。
长期目标，全歼增田义次的叛军主力，收复岛原半岛与天草群岛，肃清天主教反叛势力，拆除叛军修建的防御工事，重新任命藩主，巩固幕府在九州西南的统治，杜绝叛乱死灰复燃。
「此次平叛，务必速战速决。」
松平信纲目光扫过众人。
「在下预期，最多一个月，务必彻底铲除增田义次的叛军。
若是进展不顺，最长也不能超过三个月！
若是有人敢拖延战机、怯战避敌，余定斩不饶！」