收集幕府的军政情报。
他利用自己「葡萄牙商人家庭教师」的身份，频繁接触往来于长崎港的商人、水手，从他们口中打探幕府的兵力部署、禁教镇压计划、物资运输等信息。
同时，他还联络了长崎奉行所的一名底层杂役（也是秘密信徒），获取幕府的官方文书副本，将这些情报整理后，通过秘密渠道，传递给岛原的增田义次集团。
增田义次，曾是小西行长的得力部下，自幼信仰基督教，是一名坚定的天主教信徒。
关原之战后，小西行长战败被杀，其旧部大多沦为浪人，增田义次便带领这些浪人，潜伏在岛原半岛，暗中联络被幕府镇压的基督教信徒，组建了一支反幕武装。
弗朗西斯科与增田义次早已相识，两人有著共同的目标。
反抗德川幕府的禁教镇压，恢复基督教在日本的传播，因此，弗朗西斯科成为了增田义次集团获取幕府情报的核心眼线。
这日清晨，长崎的雾比往常更浓，弗朗西斯科刚结束一场秘密忏悔仪式，回到商人家中，便收到了一封来自天草方向的密信。
密信是用暗号写的，字迹潦草，显然是匆忙之间写下的，上面只有三个短语：「水之鱼」「寻药」「潮升」。
弗朗西斯科瞬间绷紧了神经，他立刻关上房门，拉上窗帘，小心翼翼地解读暗号。
这些暗号，是他与天草地区的秘密信徒约定好的，只有核心成员才能看懂。
「水之鱼」，指代的是基督教秘密信徒，尤其特指那些分散在沿海地区的渔民、农民信徒，他们如同水中的鱼，遍布各地。
「寻药」，是信徒联络传教士的信号，意为有紧急事务，需要传教士前往接应或商议。
「潮升」，则是会面的信号，意味著天草的秘密据点安全，可以前往会面，传递详细信息。
结合近期的局势，弗朗西斯科立刻明白了这封密信的含义。
天草地区的秘密信徒遇到了紧急情况，可能是幕府的镇压力度加大，也可能是有重要的消息需要当面告知，甚至可能与增田义次集团的反幕计划有关。
他深知，此时前往天草，风险极大。
长崎与天草之间，需横渡海峡，幕府的巡逻船在海峡内日夜巡查，一旦被发现，便是死无葬身之地。
而且，天草群岛近期也被幕府列为重点管控区域，巡查力度远超以往。
但他没有丝毫犹豫。
作为一名传教士，坚守信仰、保护信徒，是他的使命。
而与增田义次联手，反抗幕府的禁教镇压，更是他多年来的执念。
他立刻收拾了简单的行囊，将圣经、暗号手册等物品藏在衣物的夹层中，换上一身普通渔民的服饰，抹掉脸上的胡须，尽量让自己看起来不起眼。
随后，他找到了庇护自己的葡萄牙商人，躬身说道：「先生，我家中有急事，需要暂时离开长崎一段时间，麻烦您帮我遮掩一下，若是奉行所的人前来询问，便说我回葡萄牙探亲了。」
这位葡萄牙商人早已知晓他的真实身份，也一直暗中支持基督教的传教活动。