当时，那些被他接收过来的辽兵军纪极差，在登莱一带烧杀抢掠，无恶不作，尤其喜欢抢夺民女，劫掠民财。
山东地方官员多次上书弹劾告状，可孙元化却对这些辽兵，一味地包庇纵容。
这就导致了本地百姓对辽兵恨之入骨，见到他们就关门闭户，罢市不售，生怕惹祸上身。
而孔友德的士兵因为买不到吃的，只能去偷王象春家的鸡，结果被抓了个现行。
苦主找上门来，孔友德只能按照军法，将这个偷鸡的士兵穿箭游营。
结果，这帮本就桀骜不驯的辽兵，非但没有警醒，反而心生怨念。
就在这个时候，一个关键人物出场了——李九成。
这家伙也是辽将出身，负责替孙元化采买战马。
孙元化大概是真的“信任”他，把大笔的买马银交到他手上，居然连个监军、管账的人都不派！
结果李九成拿着这笔巨款，不好好买马，反而却输了个精光。
银子没了，马也没买到，他哪里还敢去宁远？
眼看着辽兵因为偷鸡事件人心浮动，李九成干脆心一横，直接绑了孔友德，宣布起兵造反。
叛军一路在山东境内烧杀抢掠，攻城略地，造成了巨大破坏。
而孙元化手握重兵，不见慌乱，派出麾下将领，轻易就将叛军击溃。
李九成假意投降，希望招抚，孙元化同意了。
他甚至还得意洋洋，提前开起了半场香槟！
孙元化写信给山东巡抚余大成：
“抚局已成，我兵不得往东一步，以至坏事。”
等到李九成率叛军兵临城下，并开始攻城后，孙元化才如梦初醒！
他再次组织人手反击，靠着城防和火炮优势，轻易打退了叛军。
叛军故技重施，再次派人前来诈降。
声泪俱下，赌咒发誓，表示这次绝对是真心归顺。
孙元化是个不长记性的，他再次相信了叛军。
于是登州城门大开，允许叛军入城“归顺”。
结果可想而知。
叛军入城之后，立刻发难，里应外合。
于是，登州城这座经营多年的坚固堡垒，顷刻之间，就被叛军攻占。