清剿海盗：以「招安归正、分化瓦解」为主，但对于凶悍、不降的海盗，不惜代价进剿。凡归正的海盗头目，可授予水师把总、千总等低阶武职，令其戴罪立功。
护航军费：商帮可向海衙申请水师护航，需缴纳护航税。此税专款专用，直接用于水师官兵饷银及战船维护，不入国库，由监察司严格审计。
第三条：私船武装特许武装：允许商船合法携带一定数量的防身火器（不超过16门小型火炮，50只火统），但需向船政司报备数量与型号，领取统一样式的武器铭牌。
武器铭牌：无铭牌火器视为军械走私，从严论处。
卷七：司法与仲裁制度海商纠纷不可仰仗陆上冗长的刑律诉讼，需有便捷、专业之特设法庭。
第一条：海商衙门法庭事权独立：于泉州、宁波、广州三处分署内设「海商公判厅」，由海衙指派司官与地方推官会审。
适用法律：以《大燕律》为主，辅以《开海章程》特别条例，并参考沿岸商帮通行的契约习惯法。
商事仲裁：鼓励商帮内部、商帮之间，先通过行业公会（会馆）仲裁，再正式对薄公堂。海衙认可公会仲裁的法律效力。
第二条：涉外司法属地原则：凡在大燕领土或领水内犯案的外国商人、水手，均适用大燕法律，由海衙公判厅审理。处刑前需知会该番邦驻本地的大使或头人（如无则不必）。
证据认定：允许番商以本国文字提供的合同、借据作为证据，但需经海衙通事（翻译）及番邦商帮领事公证确认。
领事裁判权之预防：明确声明，不承认任何外国人在大燕境内享受治外法权。除非该人持有该外邦王之正式国书，且我方另行特许。
卷八：民生、技术与远景开海不能只利于富商和朝廷，要惠及底层，长利后人。
第一条：渔民与码头力役渔盐之利：废除沿海渔民渔税，渔获可自由入城买卖。准许渔民建盐滩晒盐（非官盐之地），所获盐斤运至指定官仓卖给运往内地的盐商，增加沿海贫民收入。
力役保障：码头脚夫（搬运工）需在仓储货榷司登记入册，成立「脚行公司」，规定每日工时和最低工钱。严禁牙行拦路盘剥。
第二条：技术推广船厂开放：向民间公开大福船、广船的龙骨图纸（但核心的水密隔舱与舵桨设计属户部机密，对本国工匠公开，但对番商保密），鼓励民间船厂打造合规商船。
指南针与海图更新：设立「海图司」（隶属筹策司），奖励航海者贡献新发现的航线、岛屿、浅滩位置。每年编绘新版《万里海疆总图》与《番海经行图》，定价公开出售，利于所有海商。
纺车与织机改良：鼓励松江、苏杭地区引进及改良番邦纺纱、织布技术，提高出口棉布和丝绸的质与量。
第三条：季风与航行周期季风规律：向船厂拨款，刊印《海道针经》，详细记录洋流、季风转换的月份，提示最佳往返航行时间（如福建往南洋：冬往夏还），减少迷航、漂没之险。
避风港：海衙牵头，在主要航线上全资或合资修建避风港，供遇风浪的船舶紧急停靠，修船补给。对商船征收极低的停泊费。
第四条：远景规划十年计划：用十年时间，将大燕的商船队规模扩大三倍；将四大港口建成最大的国际贸易中心。
番邦使节接待：准许广州、宁波设立番坊（外国人聚居区），设番学教授汉语与大燕律法，同时也准许番商子弟入读，增进文化往来。
国姓护航：拟对最先探索出通往印度、甚至更远西洋（欧洲）航线的商船，颁发「大燕皇商」旗号，赠与勋位与白银，激发全民远洋探险之心。
附则试办期：本章程自颁布日起，先试办三年。三年期满，由户部与都察院、海衙共同评估得失，奏请天子酌情增删。
保密与扩散：本章程核心部分（如财税细节、军事部署、核心海图）属朝廷机密，不得外泄。章程中的商业规则、航运通则、法律条文，则允许全国发行，让商贾百姓知晓。