在各港口设立检验房，负责对进出口货物进行开箱查验、丈量吨位、评定等级。
现场开具税单，指导商贾前往「海运银庄」或指定官办钱局纳税。
设立货物等级争议程序：商贾对货品评级有异议者，可申请覆核，由洋税司会同筹策司、度支司三人会商裁定。
船政司：
负责全国四大官办造船厂（松江、宁波、泉州、广州）的日常管理与技术指导。
制定《大燕商船建造标准》，对不同吨位（200石、500石、1000石、2000石）福船、
广船的船体结构、枪帆索具、水密隔舱、火器配置（允许配置少量自卫火炮与火统）提出规范，提升远洋航行安全性。
主持船引（即航海许可证）发放与船舶户籍登记。
海防巡缉司：
配合沿海三大水师，专职护航、缉私、清剿海盗。
制定《海防巡航海图与哨点》，常年巡航，建立海上烽燧预警体系。
与地方卫所划清界限：巡缉司在内河及陆上无管辖权，仅对海上及沿海三十里之内的走私、械斗事件有抓捕权。
仓储货榷司：
统一管理四大港口官设仓储（保税仓、中转仓、盐货仓、军需仓）。
对存储期超过三个月的进出口货物征收存栈费。
监管民间仓储，防范囤积居奇、操纵物价。
第三条：四大分署广东广州分署（从四品，主官称分署同知）：主理通往西洋、真腊、满刺加的南线大额贸易。因其体量最大、外国商船最多，故规格最高。
松江府分署（正五品，主官称分署大使）：主理长江口、登莱、辽东方向的南北海运贸易。
宁波定海分署（正五品）：主理通往日本、朝鲜的东海贸易。
福建泉州分署（正五品）：主理通往琉球、吕宋及南洋西线的贸易。
各分署内部设户、礼、兵、刑、工五科（非对应中央六部，是简化版），分管税务、
外事接待、港口安保、法律仲裁、码头建设等事务。
卷三：人事与任用制度人事乃衙门之血脉。章程规定必须打破资历桎梏，唯才是举。
第一条：学与考海务科考制：每三年一次，由海衙自行命题，面向全国童生、秀才乃至吏员。考试内容为海上算学、水文地理、外夷国情、律法税则、航海技术（可述职）等，不拘泥于四书五经。
海务学堂：在松江、宁波、泉州、广州分署设立「海务传习所」，由老吏、通事（翻译）、老船长教授实务，学期一年，成绩优异者可直接授予从九品或未入流之职。