十月，青、徐黄巾复起，帝拜太祖为青州牧、镇东将军。
六年春正月，太祖将兵三千，破徐和于平原，收降众十万。
三月，太祖军济南、乐安、齐、北海，数战数捷，收降众百万，青州遂定。
四月，襄帝崩，少帝即位。
九月，董卓废少帝，改立陈留王协为帝。
初平元年春正月，桥瑁诈作三公移书，山东州郡起兵讨卓，癸酉，董卓杀弘农王。
太祖军孟津。
时袁绍惮太祖，暗与董卓通。
九月，太祖一战而破董卓、袁绍、王匡，阵斩董卓都督华雄，董卓败退洛阳。
太祖复与战，再破，董卓败退长安。
初平二年，太祖合孙坚、曹操，将兵十万，再讨董卓，数败之，董卓震怖，以皇甫嵩拒郑县。
太祖拔郑县，军长安，卓畏太祖之威，悬帝于宫门之上。
太祖惮之，时袁绍与诸侯暗谋袭取青州，太祖闻之，遂退。
太祖以为青州被围，绍必于沿途设伏，遂率轻骑绕道幽州，乘船南下，袭绍之后，时河面无风，船只难以行进，太祖拔剑骂天，立时狂风大作，暴雨倾盆。
绍军遇雨，不知太祖来到，城破之时，尚在梦中。
太祖破南皮，复与绍战于平原，破之，青州之围遂解。
孙坚杀兖州刺史刘岱。
初平三年夏四月，诛董卓，夷三族。
五月，太祖军冀州，十日，韩馥降。
六月，兖州刺史孙坚战没，太祖援兖州，破袁术。
九月，太祖将兵十万，西征勤王，破张济、斩李傕，降郭汜、樊稠、马腾等。
汉帝以太祖勤王有功，拜大将军。
初平四年，太祖征汉中张鲁，破之，益州刘焉将兵十万来犯，太祖大破之，擒焉、鲁。