生命之树的种子在地球上发芽后，新的神树保卫战再次打响。
新的战斗开始时，戴拿和高斯在帮助行星伽农重建，只有凯来到地球。
但这位O-50的战士并不孤单，因为盖亚和阿古茹在地球的授意下，也来到了平行宇宙的地球。
多变的战场形势中，战神和欧布被库因蛊惑，身中傀儡毒。
虽然伽古拉在关键时刻出现，救下了欧布，但这场战斗在杰顿不出手的情况下，已经没有多少胜算。
出乎所有人意料的事是，千钧一发之际，战场上出现了新的变故。
深渊一样的空间通道，出现在了霓虹东京市上。
根据盖亚和阿古茹的反应来看，这是未知的破灭招来体加入了战场！
此刻的人类城市中，场面已经不是‘混乱’能形容的了。
充满绝望的未来，激发了人类心中的恶。
逃窜尖叫的人群中，有人驻足认命：“毁灭吧，先是参天大树，然后是虫子和巨人。”
“现在连地球的天都塌了。”
“感觉已经没有什么事情是我接受不了的了。”
“绿谷，你老婆和初恋抱在一起了，她说这么多年都是和你凑合过日子，她心里真正爱的还是初恋！”
“什么？！”
“你看，心理承受能力还是不行。”
“喂，我怎么感觉天上那个窟窿里面，有什么东西要出来了……”
……
生命之树的树根附近。
苏阳在帮助凯彻底清除体内的傀儡毒后，缓慢起身。
距离他不远，我梦已经再次变身成了盖亚奥特曼，随时准备战斗。
再往上看，能看到一位身材修长的蓝色巨人，是早已做好准备的阿古茹。
天上，阿古茹和盖亚对视一眼，默契的并肩而立。
“凯没事了，记得伤口三天不能碰水啊。”
给伽古拉丢下这句话后，苏阳冲天而起。
“为什么你更早感知到灭亡招来体？”苏阳来到阿古茹肩膀上，看似随意的问了一句。
阿古茹似乎被突然出现的声音吓到了，身体小幅度抖了一下，而后迅速恢复正常，偏头看向肩膀上小小的怪兽。