由熊廷弼想到了杨涟，朱由检询问道：
“杨涟、左光斗等人的案子怎么样了？”
“魏逆逮捕他们，是说他们收受杨镐、熊廷弼的贿赂，这件事查清了吗？”
刘侨回道：
“熊廷弼和杨涟虽然都是湖广人，两人关系却很差。”
“熊廷弼在辽阳的时候，杨涟就上疏参劾他。”
“魏逆说杨涟收受杨镐、熊廷弼的贿赂，纯属子虚乌有。”
熊廷弼被杀有阉党的责任、也有东林党的一份，这点朱由检是知道的。
当初三法司会审，主审的时任刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋。除了周应秋这个阉党外，王纪、邹元标都是东林党。正是这三个人，把熊廷弼、王化贞都判处死刑。
因此听到刘侨这些话，朱由检面色没有一点改变。思索之后，下令道：
“两人案情有关，那就并案处理，以后一同平反。”
“他们都是阉党谋害的，都要予以翻案。”
这个决定，让刘侨等人心中惊讶，猜测皇帝的用意。
熊廷弼虽然被阉党列入东林党，其实却是属于楚党，是杨涟参劾的对象。两人案子合并，而且一同平反，不知道内情的，还以为两人是一党。实际上杨涟最被东林党夸赞的两件事，一是移宫、二是弹劾熊廷弼。
皇帝以案情相关为由，把两人的案子合并。东林党人知道了，还不像吃了个苍蝇：
咽吧不想咽下去，吐又吐不出来。
皇帝是在警告东林党，还是想说什么？
朱由检其实就在警告东林党，让他们不要闹事。
杀害杨涟、熊廷弼的事情，天启皇帝的责任很大。但是朱由检不能指责把皇位传给自己的兄长，所以只能让阉党背锅。
不过什么事都让阉党背锅，可能有人不服。为了避免有人指责自己皇兄，朱由检就把熊廷弼和杨涟等人的案子合并，提醒世人熊廷弼之死也有东林党的一份——