六科是一个比较独立的机构，并非完全从属于大理院。
和六科关系更近的，其实是国会的礼法委员会，它也有审查公文是否违背礼法的责任。
只不过礼法委员会是在发布后审查，六科则在发布前，就有职责拦下来。
大理院四大总署的设置，也不是为了六科。它要服务和管辖的对象，其实是各级法庭。
朱由检此前设立九大专门法庭，此时就下令道：
“以九大专门法庭为基础，设立九大廷尉署，设廷尉卿负总责，下设多个法庭负责相应案件审判。”
“这九大廷尉卿，最低要有正四品佥都廷尉加衔，最高品级不限。”
“他们拥有终审判决权，不论是初审案件，还是复审案件，都是终审判决。”
“如果遇到礼法没有规定、或者有争议的案件，九大廷尉卿可集议做出判决，作为参考判例。”
这是一个很大的权力，等于说九大廷尉卿，拥有了最终审判权。
杨景辰作为权力更大的内阁大学士，自然是有异议的，他问道：
“如果有人对终审判决不服，应该要怎么办？”
这是必然发生的事情，朱由检道：
“对判决不服的事情必然会发生，无论有没有罪过，受罚的人都会喊冤。”
“不过大明的审判经费是有限的，以后除了特殊案件，实行两审终审制。”
“其中，区县初级法庭，只能判决杖刑以下、涉案金额不超过一万两的案件，有异议上交省府法庭审判。”
“重案、要案必须由府中级法庭初审，终审判决交给省高级法庭，死刑还要由大理院复核。”
“如果当事人对终审法庭有异议，还可以申请异地审判、或者由九大廷尉署派遣巡回法庭审判。但是所需要的费用，由当事人自己承担。审判总署在收到费用之后，给相应法庭分配案件。”
解释着两审终审制，朱由检知道这不能解决所有案件，所以他又开了一个口子，作为纠偏办法。
结合大明原有的制度，朱由检道：
“两审终审制能解决大部分案件。”
“对终审判决有异议的，需要由一定数量的官员、议员提议，请求三法司会审。”
“三法司会审，以刑部尚书、左都廷尉、左都御史为主官，会同其他三法司大臣，集体做出决断。”
“三法司会审结果，呈交皇帝裁决。”
“如果还有异议，则下九卿会讯，举行九卿圆审。”
“再有异议，那就举行廷鞫，所有大臣集议。”
“廷鞫的判决就是最终结果，只有再次廷鞫，才能改变判决。”