当政的文武大臣，他们共同的特点都是以起义农民为敌，而对多次犯中原，这时已经“攘取畿辅等地”的清方则一味退让，在“借虏平寇”的如意算盘下，围绕“定策”、“逆案”、“顺案”争权夺利。
而军事方面，南明最为倚重的江北四镇中，二刘之兵皆“虚夸不中用”，惟高杰兵战斗力强。高杰凶悍桀骜，却毅然拒绝清肃王“大者王，小者侯，世世茅土”的诱降，疏请以己重兵驻归德，冒大雪，沿黄河筑墙，专力防御清兵，并联络河南睢州总兵许定国“以奠中原”，不料许定国暗通清兵，设计于酒后谋害了高杰，渡河降清，并引清兵至仪封。
就在清兵迅速南下，形势危急之际，拥有数十万重兵、镇守武昌的左良玉，发兵南下，要“清君侧”、“除马阮”。马士英却公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手”。当时有人抗言：“淮扬最急，应亟防御。”马士英命令“有议守淮者斩”，朝议之后，竟诏史可法尽撤江防之兵以防左。
史可法以南明国防大臣的身份督师一年多，却没有任何成果，既没练兵，也没防御，更没有趁大清和大顺交战之际收复失地，一味苟安，最后清军南下，一败再败，退守扬州，以身殉国。
不多久，南明弘光政权灭亡。
因为清朝的推行民族压迫政策犯下了严重错误，南明后期得以顺势团结了几十万大顺军、张献忠的归降部队，提出反清复明的口号，共同对付清兵，曾经辉煌一时。但是各个将领依旧各自为政，南明的几个大将，孙可望后期的飞扬跋扈，最终导致众叛亲离，卖身投靠;郑成功虽然有大志、有军事才能，却私心自用，断送华南抗清大业。之后退守台湾，一心守护自己郑家的地盘;李定国也是悲剧，出滇抗清前期遭孙可望妒恨，无法在两湖、江西战场上施展雄才大略;中期寄厚望于郑成功连兵粤、闽，会师北上，得到的却是郑成功的虚应，结果导致丧师失地，南明中兴从此无望，最后只好死而后已。
南明之灭亡并不令人感到意外，昏庸的皇帝，肆虐的奸臣，跋扈的将领，无能的督师，明朝的遗毒如党争、苛政、文人领兵都被完好无损继承下来，甚至还有所发扬光大，那么延续着明朝的灭亡之路走向覆灭也就顺理成章了。
皇太极的改革
皇太极这个人很不简单，以往我们过多把目光放到他在军事的胜利上，而忽略了他在政治上的大规模改革，而后者才正是后金兴起的主要原因。
在努尔哈赤当政的晚年，政策上有不少失误，他实行对对汉官汉民的残暴政策。屠杀、镇压、奴役激起汉族各阶层的反抗，造成后金社会的动荡不安。
皇太极即位后马上就调整对待汉官汉民的政策，使汉官汉民的地位有所改善，以缓和女真族与汉族之间的尖锐矛盾。
在皇太极即位后的第四天，就颁布了一项命令：“治国之要，莫先安民。我国中汉官汉民，从前有私欲潜逃，及今奸细往来者，事属已往，虽举首，概置不论。嗣后惟已经在逃，而被缉获者，论死。其未行者，虽首告亦不论。”
在颁布这项法令以后的第三天，又颁布了一项新的重要法令，这个新法令要求停止筑城等过重的劳役，使老百姓可以“专勤南亩，以重本务”。新法令还说：在社会上“满汉之人，均属一体”，凡审判罪犯，承担“差徭公务”等，不得差别对待。
这些政策的颁布对后金汉人的人心安定起了重要作用，从而为后金的军事行动创造了良好的条件。
努尔哈赤时期，后金的国家行政机构十分简陋，以旗代政，一职多能。皇太极致力于中央政府制度的改革，逐步建立一套比较完整的国家行政机构，天聪五年(1631年)，设立了吏、户、礼、兵、刑、工六部。
天聪十年(1636年)四月，皇太极即皇帝位，改国号“大清”，改元“崇德”。
崇德改元前一个月，即天聪十年(1636年)的三月间，改文馆为“内三院”，即内秘书院、内国史院、内弘文院。这是继天聪五年仿明制设立六部之后的又一次重大的建政活动。五六月间，还设立了都察院和更定蒙古衙门为理藩院，以完善中央统治机构。
皇太极通过完善中央统治机构的过程，削弱八旗贝勒的实权，逐步集权于中央的过程，从而巩固了皇权。
因为皇太极的锐意进取，大清在极短的时间内完成了一系列的政府体制改革，为将来大清入主北京城打下了良好的基础。
满族社会中沿袭着一种很古老的婚姻习俗，崇德改元之后，皇太极也对此进行了坚决的改革，规定：“自今以后，凡人不许娶庶母及族中伯母、婶母、嫂子、媳妇。”同时还废止了“夫死妻殉”的陈旧习俗。
天聪六年(1632年)满文改革家达海，改进了初创时期的满文。
于是满族有了自己的文字，这些都是皇太极治理下了不起的成就。
皇太极重视农业生产，他认为农业是“立国之本”，“国之大经”，因此颁行一系列保护和鼓励农业生产的法令。农业的改革是大清的经济得到了长足发展，像努尔哈赤时候的经济危机再也没有出现过。
相比皇太极，明朝末年的几个皇帝简直无知无识，差得太远。
为什么这样一个庞大的明帝国会有这么多昏庸无能的皇帝，大奸臣、大太监，而不过数十万人的女真族竟然会有努尔哈赤、皇太极、多尔衮、顺治、康熙、雍正等等如此多的才智之士呢?明朝的灭亡是上天的安排，还是别有原因呢?
入关后的政策
大清进入北京后，多尔衮在范文程、洪承畴等的建议下，提出了“经纶方始，治理需人。凡归顺官员，既经推用，不必苛求。此后官吏犯赃，审实立行处斩，鞭责似觉过宽。自后问刑，准依明律”的用人政策。也就是说，以前的贪官污吏行为一概不计较，只要有利于大清朝的就用，只要以后不再犯法就既往不咎。
这样，清兵征战方面有多尔衮及其八旗子弟兵，有吴三桂的辽东精兵，战略方面有范文程、洪承畴等运筹帷幄，政治上又制定合适的政策，大量启用明朝的降臣治理国家，巩固占领的领土，为出击李自成和南明，以及未来的一统天下做好了准备。