起义军沿维尔卡马约河河谷进军，攻占了基基哈纳镇。队伍扩大到6000人。
西班牙总督派遣450人军队，在700多名土著军的配合下前往讨伐。两军在圣加拉拉镇遭遇。起义军用棍棒、刀矛和投石器，将讨伐队打得落花流水。
圣加拉拉距库斯科城仅有30余公里，库斯科省督星夜派信使赶往利马和布宜诺斯艾利斯的总督府求援。天主教会宣布革除阿马鲁的教籍。殖民政府通令阿马鲁为叛逆分子，解除其“卡西克”职务，悬赏1万比索取其首级。同时宣布废除“分摊”制和货物转手税，以笼络人心。
阿马鲁估计库斯科城一时难以攻克，避重就轻，率军南下，向的的喀喀湖区挺进。起义军每到一个地方，立即废除“米达”制，砸开纺织工场、庄园、仓库、监狱，释放劳工和囚犯，处决作恶多端的官吏、奴隶主和工头，争取万千解放者加入起义队伍。短短一个月，起义军扩大到9万人。秘鲁50个省解放了24个省，玻利维亚、阿根廷部分地区也被起义军控制。
廷塔省后方由阿马鲁的妻子米卡埃拉留守。她机智勇敢，粉碎了教会的间谍活动，源源为前方输送粮草、兵员。
库斯科城外破敌阵
切卡库峡谷陷重围
12月中旬，利马和布宜诺斯艾利斯两地殖民军向库斯科进发。库斯科是印加王都故都，殖民军绝不能放弃。米卡埃拉通知丈夫迅速回师，乘敌军增援前攻占库斯科。
12月底，阿马鲁挥师北上，兵临库斯科城下。28日攻克城西要塞皮丘高地，将缴获的大炮指向城内。
阿马鲁丧失战机，没有立即攻城，却向城中殖民当局发起和平攻势，敦促他们投降。他期望事先联络好的土生白人和印第安贵族能够里应外合，谁料他们在紧要关头，投入殖民军怀抱。殖民军趁势组织队伍，将土著军队排在城防第一线。起义军如果强行攻城，势必造成印第安人自相残杀的局面。此时，参加起义军的白人军械师又暗中破坏大炮，使攻城火器失灵。阿马鲁迫于无奈，于1781年1月10日夜间撤围，再次向南方转移。
秘鲁总督阿雷切和巴列元帅所率的1.7万大军，开到库斯科，尾追起义军主力不舍。起义军利用熟悉地形、善于爬山的优势，诱敌深入，分围突袭，掌握了战争主动权。
3月21目，阿马鲁将1万主力埋伏在殖民军必经的切卡库峡谷。谁料叛徒出卖了情报，起义军被反包围，在4月6日的撤退中损失惨重。阿马鲁率残部向南方转移，途中又被叛徒出卖，他和妻子及主要将领都落入敌人的魔掌。
四马分尸全家就义
美洲旗帜永远飘扬
4月14日，图帕克阿马鲁被押解到库斯科，囚禁于他少年就学的教会学校里。阿雷切令其供出“同谋”，他昂然回答：“同谋只有你和我，是你压迫我的人民，而我要把他们解救出来。”
殖民者施行种种酷刑，阿马鲁手臂断裂，浑身没一块好肉。他轻蔑地训斥审讯人：“哪怕你们将我撕成碎块，我也不会吐露一点真情!”连暴君阿雷切也不得不承认“他身上有一种坚韧不拔和镇定自若的力量”。
英雄的战友继续在各地战斗。为了恫吓起义者，西班牙殖民当局匆匆判处图帕克阿马鲁“四马分尸”。1781年5月18日，在末代印加王就义的广场上，殖民者将阿马鲁的四脚捆紧，绳索分别连在四匹马的身上。临刑前，当着他的面，将他的妻子米卡埃拉和两个儿子先行处死。接着，4名刽子手同时策马，向4个方向狂奔。阿马鲁的身体瞬时悬在空中。奇迹出现了，4马巨力拽不断英雄的躯体，他依然高高悬在空中。在场观刑的西班牙人惊叫起来，以为英雄是钢铁铸成的。更奇的是，并非雨季的库斯科突然刮起了一阵狂风，晴天忽降暴雨。苍天震怒，山河同泣，惊得殖民者四散奔逃。阿雷切惊恐而尴尬，慌忙下令斩首，将首级和四肢送各省示众。
殖民者将阿马鲁的宅院夷平并撒上盐，天主教士大念咒语，要让他“永世不得超生”。他10岁的幼子也被搜获，当为“战利品”送往西班牙，不久惨死狱中，遂了殖民者“斩草除根”之愿。然而，印第安人却相信图帕克阿马鲁并没有死，至今还在流传他永生的故事。
英雄牺牲后，起义军继续在他表弟克里斯托瓦尔领导下，坚持战斗近一年。
在图帕克阿马鲁敲响了西班牙殖民统治的丧钟，30多年后导致了南美大陆的解放。