在这种情况下，罗马教会认为，自己就是官府。而君士坦丁堡的希腊教会，性质上就不一样了。
从君士坦丁大帝接纳了这个教会开始，虽然朝廷一直对他们进行管理，但教会始终还是延续着自己的组织，只不过受到朝廷的重用，替朝廷打打下手，从来没有真正被收编过。
所以，这次来接管君士坦丁堡教会，其实是看得起他们。这可是给编制的事，等于从民间社团升级成正式的官员了。
这种好事，上哪儿捡去？其他人想要，官府还不给呢。
这件事在当时的君士坦丁堡教会，引起了激烈的争吵甚至分裂。上层的牧首和高级教士们，大部分认同紫帐汗国的主张，认为现在也没什么选择余地。但很多中下层教士对此坚决反对，有些人是担心自己的辖区和权力会被剥夺，而更多人可能就单纯觉得，这些“教友”的教义太离谱了，没见过异端到这种程度的……
由于这些下层教士，对众多希腊村社和城镇都很有影响。而且汗廷确实也需要一批传统意义上的神学家，从事经义方面的工作——比如例行和罗马教廷辩经。所以，最后，紫帐汗国和“罗马教会”也只能做出一些让步。
现在的君士坦丁堡是一个特设教区，下面还有各种寺庙和学院。希腊地区的一些神父和教士们，在编制上，不是这些行省——牧首区下属的官吏，而是君士坦丁教区各个修道院、研究院外派的专员。他们的教堂也不属于州府的堂区编制，算是君士坦丁教区派驻各地的联络站。通过这种方式，在双方都能接受的情况下，保持了一定的独立性。
双方的矛盾，到郭康父亲这一代才弥合。当时奥斯曼试图冒险强攻君士坦丁堡，而教会是城里人中，抵抗最积极的一批。其他人有本事的话，改投奥斯曼，还能方便地再就业，但教士们改投那边，行业门槛就比较高了……
在这之后，双方才安稳了一些。
而更大的问题是，如今紫帐内部还不止这两家。在北边，还有后来加入的第三个势力——基辅教会。
早在罗斯受洗的时候，基辅就成了罗斯地区东正教的中心。君士坦丁堡牧首派来一批神职人员，建立了基辅都主教区。之后，罗斯地区的教务工作，都是由基辅主持，基辅也因此成了“全罗斯都主教区”。
但后来，全罗斯都主教区发生了分裂。基辅以西的加利奇-沃伦公国，为了召集人手对付蒙古人，决定接受罗马公教，并从教宗那里得到了王冠，开始自称王国。
这一举动引来正教世界的不满。由于当时，加利奇在诸公国中比较强盛，临近的基辅倾向于他们，感觉受到威胁的全罗斯都主教于是率众出走，来到了弗拉基米尔，并最后辗转到了莫斯科。这也导致罗斯教会走向分裂。
当然，这种分裂似乎也是不可避免的。在蒙古人到来后，西南的加利奇、基辅，和东北的莫斯科、弗拉基米尔，成了罗斯地区的两个中心。政治经济的分化，最后让宗教也跟着分化了。
最后，在君士坦丁牧首的调解下，大家决定两个都主教区都保留下来。罗斯地区的十五个教区中，西南部分的六个，依旧归基辅都主教管理，称为“小罗斯都主教区”。剩下九个，归莫斯科都主教管理，称为“大罗斯都主教区”。曾经的“全罗斯教区”，至此一分为二，给后世造成了深远的影响。