首先，从发现到击沉的一个小时内，皇后鱼号数次发出警告，而“阿波丸号”置若罔闻，不作任何答复，由此皇后鱼号判定它极有可能是一艘处于战斗准备状态的军舰。
其次，“阿波丸号”这艘重达万吨的巨轮，被鱼雷击中后仅用了3分钟就迅速沉入大海，甚至连“SOS”紧急呼叫都没有发出。人们普遍认为它的沉没另有隐情，并不完全由鱼雷爆炸造成。
再次，落水人员拒绝皇后鱼号的救援，以致船上2009人中仅有一人生还，而此人还是在昏迷的情况下得救的。
这唯一的幸存者叫下田勘一郎。
攻击之后有很多日本人浮上水面，但他们拒绝美国潜水艇援救，与船偕亡。
2008人从此沉入深深的海底，里面有罪行累累的战犯，有高级专业技术人员，还有老人、妇女和婴儿。
而下田勘一郎也拒绝回忆和“阿波丸”号有关的事情。
“阿波丸”号为什么会做出这么多可疑的事情？
对于这次攻击，在美军军事法庭上，拉福林辩解说：当时由于浓雾笼罩，能见度几乎为零，据声呐显示的信号判断，这是一艘军舰。
此外，9个小时前“海狐”刚攻击过敌运输船，因此以为是日军要进行报复。
日方则认为，“阿波丸”号是按照规定路线行驶的，这是一次蓄意的攻击行为，应该赔偿日方一切损失。
最后，美国政府承认对击沉“阿波丸”负有责任。
对于赔偿问题，美国政府希望在战争结束后以战胜国身份再解决，以取得更多主动权。
1945年4月，美军开始冲绳岛战役，日本南大门被打开。
8月10日，也就是日本宣布无条件投降的前5天，日本政府向美国提出索赔要求：
赔偿现金72万美元，向日本赔偿同类船只以替代“阿波丸”。
在讨价还价声里，随着原子弹一声巨响，二战结束。8月15日，日本宣布无条件投降。
战败的日本经济处于崩溃边缘。
然而1949年4月14日，日本首相吉田茂却代表日本政府在协议书上签字，宣布正式放弃因“阿波丸”被击沉而产生的各项要求。
日方不但放弃了索赔权利，并自己出钱抚恤死难者家属。
拉福林则因“阿波丸”违约装载战略物资而免予起诉，后来他成为海军司令。
“阿波丸”事件中唯一的幸存者下田勘一郎，始终对那天夜里所发生的真相保持沉默。
疑点，太多了。
1945年4月1日午夜，作为一艘有盟军安全保障的日本万吨巨轮，有什么理由在这片漆黑而危险的海域全速行驶呢？
按照日美双方约定，“阿波丸”的图纸已事先通报给了美军，而且“阿波丸”当时打开了夜航灯，拉福林有什么理由判断它是一艘即将发动攻击的日本军舰呢？