其一，定口岸、分主次。
不越浙、闽、粤三省地界，从根源规避各省督抚辖地争端。
定格口岸层级，确立“一主一副三辅”的完整通商体系。以太仓刘家港为江南市舶总司，定为江南唯一远洋出海口岸，凡南洋、西洋远洋商船，皆须于此报关出洋、返航核验，统归一处管控。
兹定应天龙江关为留都南京枢口岸。凡海外诸国贡使、番邦方物，必先抵此关查验登簿，循例抽分课税，点验入库存案；一应贡物处置妥当，方许转运分销内地诸府。藉此规制，以固留都南都政要、财赋、外交往来之核心体制。
另设镇江黄田港、松江上海浦、芜湖江口三处辅助港口，分别执掌内河货流转运、近海小额贸易、长江上游海事稽查，封堵民间私贩走私通道。
其二，立官制、明权责。
沿用历代市舶司“文官理政、内廷监察、武官防卫”的制衡旧制，权责分立，相互稽查，互不专擅，杜绝权责疏漏与官吏专权。
于刘家港设立市舶提举司主衙，设从五品提举一员、从六品副提举两员，分掌商船报关、税银收缴、船引核发、账册稽核诸事。
于龙江关设立市舶分司，专司留都贡使接待、番货总核、税册复核，将通商核心财权、事权牢牢掌控于留都体系。
由司礼监选派提督市舶太监常驻龙江关，专理皇家采办、贡礼查验、官吏监察，可直达圣前奏事，直通天听。同时令苏松兵备道、操江都御史统辖沿江卫所、水师营兵，专职负责江面巡哨、海防缉私、寇盗抓捕。
南京六部各司其职，分督办工料筹备、朝贡礼仪、税银核销、海防整饬等要务，自成完备规制。
其三，定税则、明律法。
尽数废除江南沿海各地混乱私税、陋规杂税，由户部统一核定江南通商税则，立定船引税、水饷、陆饷、番货抽分四项定制，税率公示明晰，所有税银尽数入账、涓滴归公。
严立商船出海规制。凡出海舟船，必先赴市舶司申领官方船引，详实登记船号、船员人数、载货品类、往返时限，无引私行船只，一概按私寇论处，尽数查抄扣押。
凡海外番货上岸，逐件核验品类、数量，依规足额抽税，严禁商船夹带兵器、硝磺、禁书等违禁物件，所有完税银两悉数上缴太仓国库，纳入朝廷正项开支。
其四，编民籍、用熟手。
既往涉案的海上私枭、商船船主、市井牙人、资深舵工，尽数赦免前罪、剔除私犯籍册，统一录入市舶司专属海事户籍，由官府择优甄别录用。
凡熟谙远洋海路、通晓番货品类、精通江海汛情、深谙海事规矩者，一律授以海事吏、船务向导、货栈巡检等职，各司其职、按劳给俸、依规履职。
此举将昔日游走法外的海事熟手，尽数转化为朝廷合规可用的海事官吏，既消解历年沿海私贩隐患，又补足官府海事人才匮乏的短板。
其五，严海防、绝倭患。
细化水师巡海规制，明确江海巡防疆界，长江口及近海海域按月轮值、分班巡哨，遍设烽堠预警、口岸门禁关卡，从严盘查无引黑船、陌生番船、倭寇奸细，严防私通外夷、海上作乱。