不仅是海军内部，陆军方面也持保留态度。陆军认为海军应该把资源集中在支援龙国战场和东南亚方向的作战上，而不是在太平洋上跟漂亮国玩一场风险极大的赌博。
但山本六十五坚持自己的判断，甚至以辞职相威胁。他在给海军大臣的信里写了这样一番话：“如果海军不能在南进之前解决漂亮国太平洋舰队的威胁，那么整个南进计划就没有任何成功的可能。我已经做好了承担一切责任的准备。”
最终海军军令部批准了计划，如果日美谈判在袭击发动之前取得成功，则取消偷袭行动。
扶桑为什么要打这一仗呢，其实原因并不复杂，说白了就是他们已经无路可选了。
从1937年全面侵华开始，扶桑深陷龙国战场已经四年多了。仗打了四年，人死了一大片，钱花得跟流水一样，但龙国却是始终没有投降，战事遥遥无期。而扶桑的经济在战争的重压下每况愈下，石油、橡胶、钢铁这些战略物资全靠进口，而这些战略物资最大的供应国恰恰是漂亮国。
1940年，日军趁砝国战败占领了法属印度支那北部，切断了滇越铁路这条重要的援华通道，同时也让漂亮国看到了扶桑南进的野心。罗斯福政府随即加强了对扶桑的贸易限制，冻结了扶桑在漂亮国的资产，并对石油和废钢铁实施禁运。
目前扶桑的石油储备只够用一到两年，已经没有了任何转圜的余地，接下来要么从龙国战场撤军，要么南下抢夺东南亚的油田。撤军是不可能撤军的，那就只剩下一条路，南进。但南进的路上有一个绕不开的障碍，漂亮国太平洋舰队。
这支舰队驻扎在夏威夷的珍珠港，正好卡在扶桑南下东南亚的航线上。扶桑想夺取东南亚的石油、橡胶和矿产资源，就必须先打掉漂亮国太平洋舰队。
山本六十五的战略意图就是，与其等漂亮国主动出击，不如先下手为强，用一次突然袭击瘫痪太平洋舰队的主力，为扶桑南进争取至少半年的时间窗口。
作战计划在1941年夏天开始进入了实质性的准备阶段。海军航空兵司令大西泷治郎被任命为具体的计划执行负责人，他组建了一个专门的研究小组，负责推演袭击的每一个环节。
研究小组的首要问题是如何在珍珠港的浅水中使用鱼雷。珍珠港的平均水深只有十二米左右，普通的航空鱼雷入水后会直接扎进海底，根本无法有效攻击停泊的军舰。
扶桑海军的技术部门用了好几个月的时间研究这个问题，最终他们在鱼雷尾部加装了木质稳定鳍，使鱼雷入水后的下潜深度控制在十米以内，这才解决了浅水鱼雷的问题。
与此同时，海军还研制了专门的穿甲炸弹，将四百一十毫米舰炮的穿甲弹改装成航空炸弹，这玩意可以穿透战列舰的水平装甲。这两种武器是珍珠港袭击的核心装备，扶桑海军为此投入了大量的人力物力进行研制和测试。
在武器准备的同时，飞行员的训练也开始了。扶桑海军从各航空母舰的飞行队中抽调了最优秀的飞行员，组成了一个秘密的航空训练部队，这支部队驻扎在鹿儿岛县的鹿屋基地。
这个基地的地形与珍珠港相似，周围有海湾和岛屿，可以模拟珍珠港的环境。飞行员们在这里进行了长达数月的密集训练，包括低空鱼雷投放、俯冲轰炸和水平轰炸。
低空鱼雷投放要求在不超过二十米的高度、在高速飞行状态下精确投放鱼雷，难度极高，稍有偏差就会导致鱼雷入水角度错误而失效。俯冲轰炸训练则是要求飞行员从四千米高空俯冲至五百米高度再投弹，对飞行员的技术和心理都是极大的考验。水平轰炸训练则要求在高空精确投弹，误差不能超过五十米。
到1941年11月时，这支训练部队的飞行员已经达到了极高的水准，他们的平均投弹误差控制在三十米以内，鱼雷投放的成功率超过了百分之九十。
1941年11月5日，山本六十五下达了“联合舰队绝密第1号作战命令”。
11月26日，由六艘航空母舰，赤城号、加贺号、苍龙号、飞龙号、翔鹤号、瑞鹤号，为核心组成的突击舰队从千岛群岛的单冠湾秘密出发，沿着北太平洋航线向东航行。
这条航线冬季风高浪险，商船稀少，能够最大限度地保证隐蔽性。突击舰队的航行采用了严格的无线电静默，所有舰艇之间的通讯只使用灯光信号和旗语。
与此同时，日军还派出了二十七艘潜艇作为先遣部队，提前进入夏威夷海域进行侦察和监视，其中五艘潜艇还携带了微型潜艇，计划在攻击开始时潜入珍珠港内配合舰载机作战。
反观漂亮国这边，太平洋舰队的警惕性远远低于应有的水平。珍珠港的防务存在多个严重的漏洞。
首先是情报方面，漂亮国情报部门虽然截获了扶桑的外交电报，也意识到了扶桑可能在某个方向发动攻击，但始终没有判断出珍珠港是目标。
华盛顿方面虽然向珍珠港发过几次警告电报，措辞一次比一次严厉，但这些电报的措辞过于含糊，没有明确指出攻击的具体方向和方式，导致珍珠港的守军将领们产生了麻痹心理，根本就没当回事。
他们认为珍珠港水深太浅，日军的鱼雷无法在浅水中使用，而且扶桑的主力舰队距离珍珠港太远，不可能发动如此长途的奔袭。其次是日常戒备的松懈。
珍珠港的舰艇大多停泊在港内，没有进行防空演练和反潜巡逻。周末的气氛更加松弛，大量官兵上岸度假，高射炮位上的炮手寥寥无几。
机场上的飞机为了便于维护，成排密集停放在跑道上，没有分散隐蔽，这为日军的空袭提供了绝佳的目标。雷达站虽然依旧开机运转，但值班人员缺乏训练，对不明目标的识别能力不足。