童谣风波愈演愈烈，林墨意识到，若不尽快查明真相、制止谣言，后果将不堪设想。他不再被动等待，而是主动出击，动用了自己所有能动用的关系网，展开了一场全方位的秘密调查。
他首先找到了锦衣卫指挥同知赵千户。赵千户在之前的国师案中，与林墨结下了深厚的战斗友谊，两人早已是过命的交情。林墨将童谣之事详细告知了赵千户，并请他利用锦衣卫遍布京城的情报网络，帮忙追查童谣的源头。
赵千户二话不说，立刻派出了手下最得力的几名缇骑，换上便装，混入市井之中，明察暗访。
与此同时，林墨自己也派出了府中几名机灵可靠的家丁，以及钦天监中几名信得过的年轻属官，分头行动。他们有的假扮成贩夫走卒，在茶馆酒肆中与人闲聊，套取信息；有的则专门盯着那些最先开始传唱童谣的区域，寻找可疑人物。
经过数日的缜密侦查，几条关键的线索，逐渐汇集到了林墨的手中。
第一条线索，来自锦衣卫。一名缇骑在城南一处破败的土地庙中，发现了一个形迹可疑的老乞丐。这个老乞丐，每天早出晚归，回来后便躲在庙中数铜钱，有时还会自言自语，念叨一些与童谣相似的词句。缇骑暗中跟踪了他几天，发现他每天都会去城南的几个固定的菜市场和茶馆门口，假装乞讨，实则暗中观察，一旦看到有小孩聚集，便会凑上前去，用几文钱哄孩子们唱他教的歌谣。
第二条线索，来自林墨派出的家丁。一名家丁在东市口的一家酒馆中，无意中听到两个喝醉了酒的闲汉在吹牛。其中一个吹嘘说，他认识一个大人物身边的“伴当”，那个伴当告诉他，最近城里流行的那些童谣，其实是有人花钱雇了一批乞丐和流浪儿，在全城各处散播的。那个“大人物”，似乎是宫里头的人。
第三条线索，则来自钦天监的一名年轻属官。这名属官有个亲戚，在宫中当差，是一名负责洒扫的末等太监。据这名太监透露，他曾在一次偶然的机会中，听到几位地位较高的太监在私下里议论，言语中对林墨颇为不满，甚至有人提到了“要让那姓林的知道知道厉害”之类的话。
三条线索，最终都指向了同一个方向——宫中！而且，矛头直指那些在国师案中受到牵连、或者因为林墨的改革而利益受损的旧宦官！
林墨将这些线索综合起来分析，心中渐渐有了清晰的判断。国师虽然伏诛，但其在宫中经营数十年，必然培植了不少亲信和耳目。尤其是在太监群体中，国师的影响更是根深蒂固。这些旧宦官，在国师倒台后，虽然表面上夹起了尾巴，但内心对林墨这个“始作俑者”，必然是恨之入骨。他们不敢明目张胆地报复，便想出了这种散播童谣、败坏林墨名声的阴损招数！
“好一群阉竖！”林墨放下手中的密报，眼中闪过一丝冰冷的杀机，“你们以为躲在暗处，我就拿你们没办法了吗？”
他立刻写了一封密信，派人送往赵千户府上，将自己调查到的线索和分析，一并告知了赵千户，并请他帮忙，对宫中那些可疑的宦官，进行秘密监控和调查。一场针对隐藏在宫中的国师余孽的暗战，就此拉开序幕。