在他的紧急调遣下，各支尚未完全失控或仍在观望的明军，开始向桂林靠拢。
焦琏部从平乐北上；楚镇周金汤、熊兆佐部进入桂林。
他又紧急命令官员入城，宣示留守命令，并委派按察司佥事邵之骅统领焦琏部兵，试图恢复城中基本秩序。
同时，派人进城“息烟火、收仓储余粒”
扑灭残火，收集未被抢光的存粮，并张贴告示，安抚惊魂未定的百姓。
三月初一，在焦琏军的护卫下，瞿式耜，这位前几日还在死亡线上挣扎，尊严扫地的老臣，重新踏入了满目疮痍的桂林城。
眼前的景象，比想象中更加触目惊心。
【“廡舍零落，满城但暴尸骨，火烟中燔炙气耳。”】
房舍倒塌零落，街道上、废墟间，到处是无人收殓，甚至已经开始腐败的尸骨。
空气中弥漫着木头、织物和……人体被烧焦后混合的气味。
昔日还算繁华的桂林城，此刻几乎成了一座“鬼城”。
然而，瞿式耜没有时间悲伤，也没有力气愤怒。
他做的第一件事，是下令：“令军悉屯官舍，洒扫街路。”。
所有军队，一律驻扎到官舍中，严禁再扰民！
然后，组织人手，清扫街道，收殓那些横死街头的尸骨，让他们入土为安。
那位因试图阻止乱兵而被“捶杀”的太常卿黄太元，瞿式耜亲自为他置办棺木，收殓安葬。
在他的努力下，奇迹般的事情发生了。
【《东明闻见录》记载：“桂城星星始有人。”】
死寂的桂林城里，开始星星点点地，重新出现了人烟。
一些躲藏起来的百姓，试探着走出藏身之处。
一些溃散的士兵，被重新收拢。
秩序，竟然在废墟和尸骨中，极其缓慢地开始一点一点恢复！