此时，正满怀期待的想要去赴与父亲之间久违的父子局的碇真嗣，被紧急通讯截停，要求他立刻赶往最近的地下入口，准备驾驶初号机出击。
「又是使徒————偏偏是今天————」真嗣咬著牙，一股难以言喻的怒火在他心中燃烧。
这怪物毁掉了他好不容易才鼓起勇气去尝试的、与父亲沟通的机会。
他带著这股迁怒般的情绪，快速进入初号机，被发射至地面。
然而，当他驾驶初号机抵达松代试验场，看清了敌人的模样，并通过通讯频道接收到作战指令时，他所有的愤怒、所有的怨气，都在瞬间被一股彻骨的冰寒所取代。
「目————目标是————三号机？」他难以置信地重复著指令，「可是————明日香在里面啊！」
葛城美里沉重而急促的声音传来：「真嗣！三号机已被第九使徒完全寄生并控制！明日香无法脱离！你的任务是————击破三号机，消灭使徒！」
击破三号机————消灭使————
这意味著，他要亲手攻击，甚至可能————杀死明日香？
真嗣的大脑一片空白。
那个虽然总是对他大呼小叫，却会在修复区默默帮他推来踏脚凳的明日香；
那个在共同清理水槽后，别扭地向他道歉的明日香；那个看似强硬，实则和他一样孤独的明日香————
此刻，就被困在那台正在疯狂破坏、发出非人咆哮的机体里。
「不————我做不到————」真嗣的声音颤抖著，初号机在他的操控下不由自主地向后退了一步，「我不能————对明日香————攻击明日香————」
初号机僵立在战场上，面对步步紧逼、形态开始发生更恐怖异化的三号机（第九使徒），它没有任何战斗姿态，仿佛一尊巨大的、沉默的靶子。
碇真嗣的内心，正在被恐惧、迷茫和巨大的情感冲击撕扯著，濒临崩溃的边缘。
指挥中心内，葛城美里焦急的呼喊、赤木律子冷静却无情的形势分析，都无法穿透真嗣那被绝望笼罩的驾驶舱。
而此刻，在NERV总部那因突发状况而陷入高度紧张与嘈杂的指挥中心内，陈瑜正站在属于技术顾问的观测席位上，平静地注视著主屏幕上那失控的一切。
他看到了真嗣的抗拒与初号机的停滞，看到了使徒化三号机不断攀升的异常生物信号和破坏行为，也感受到了整个指挥体系因这超出预期的危机而出现的短暂决策迟滞与注意力完全被战场吸引的混乱。
「目标确认激活，生物信号融合模式符合预期。驾驶员（明日香）生命体征信号微弱但持续，确认存活。初号机驾驶员出现预期内的精神抗拒，作战效能归零。」他对著随身的小型录音设备，用近乎冷漠的精确语言记录著初步观察结论，仿佛眼前并非生死关头，而只是一场数据流异常的演示。