【「这是信念上的冲突啊，你屹立于此的身影，让我想到了过去的那些人.....我曾经见过几个像你这样的人了？」】
【「每当我想要对人类降下制裁，总有你们这样的人出现在我的面前，让我产生动摇，于是又和人类结为朋友，如此反反复复，我还会犯下一样的错误吗？」】
小光：「神啊，那并非错误。那只是因为，你太爱著这个世界了。」
超克大尊无言。
初始之门中，释放著强大的力量潮汐，如星辰与心脏的鼓动。那乃是宇宙的心跳声。
于是，以分身的姿态，来到这的超克大尊，似乎理解了什么。
其实，从很久以前，贯穿3000年的历史，遍布全部的地区，和叫做【阿尔宙斯】的个体们，建立了联系的人们，一直都存在著。
黄金之王，光之勇者，太阳伟人，荒野哲人，吾思与望罗，照耀与光明，信长与神都....在这个千年之后还会涌现出更多的这样的人。
【「.....无爪也无牙，人类在魔兽的面前，是如此的脆弱。某一天，落雷从天而降击中十只宝可梦。被雷所击的宝可梦，从此成为脆弱人类的臂助。」】
【「但是我早已遗忘，在神奥最古老的历史中，曾有剑士去猎杀魔兽，那个时候的我，认为人和魔兽，终究是无法互相理解的，但那家伙却折断了剑....」
【「后来，有人向我证明了人类的坚强，也有人虔诚建造了充满光明的七座神殿，有人在荒野拯救我于垂死之际，有人在使用发出光的旋转的陀螺，将我平定。」】
【「也有人.....那个和你有著几乎一样的面孔的少女，化身光源，照亮了洗翠的大地。」】
【「是吗，你的回答，我已经听到了，你们的梦想，与我水火不容，既然是要重新创造世界....这个地区，会在一瞬间化为乌有！如果不想要神奥大地消失的话。就前往天之山，和我战斗吧！」】
仿佛就在这个瞬间。
超越3000年的光阴，人们的信念，聚集了起来，向著天之山的峰顶汇聚！
小光，也在前往天之山的时候，听到了某个少女的呼唤与思念。
在某个时代，古神奥。
汇聚了十只宝可梦的，有著太阳发型的男人，望向了高天。在这个时代，神奥的神殿刚刚落成，犯下罪过的剑士的故事，还在世上流传。
神阖的人们决定要建造可以供奉阿尔宙斯的舞台，他们齐心协力说道：
来吧，我们要建造一座神殿，这神殿直通高天，就在天冠山的顶上！
天之山，乃最接近神奥大尊之地。
神奥大尊之力，汇聚于天之山而化为矿石。
矿石所生之力，令周围磁场扭曲！
让人的意念直抵高天吧！于是，人们开始向天之山的峰顶堆砌石头，建造那宏伟神殿，用乐舞来展现创造神的伟大的力量！
那曾是古人们所期盼，并祈祷著永存于此的乐园！他们又建造古之寺院，矗立起云雾的神殿，在诸神所在的地方留下石头，在湖之众神的洞穴中，建设起供奉的柱子。
而带著十只宝可梦的人，向阿尔宙斯发起挑战，他要向长久以来的神明表达感谢，为了回应神奥大尊的怜悯，让诸王同心协力，证明人类的坚强。
于是，那位英雄听到了穿越时空的意念。